Ejemplo n.º 1
0
def concordance():
    mt = get_mt()
    mt = mt.filter_rows(mt.alleles.length() == 2)
    g, r, c = hl.methods.qc.concordance(mt,
                                        mt,
                                        _localize_global_statistics=False)
    r._force_count()
    c._force_count()
Ejemplo n.º 2
0
def hwe_normalized_pca():
    mt = get_mt()
    mt = mt.filter_rows(mt.info.AF[0] > 0.01)
    hl.hwe_normalized_pca(mt.GT)
Ejemplo n.º 3
0
def variant_qc():
    hl.variant_qc(get_mt()).rows()._force_count()
Ejemplo n.º 4
0
def sample_qc():
    hl.sample_qc(get_mt()).cols()._force_count()
Ejemplo n.º 5
0
def hwe_normalized_pca():
    mt = get_mt()
    mt = mt.filter_rows(mt.info.AF[0] > 0.01)
    hl.hwe_normalized_pca(mt.GT)
Ejemplo n.º 6
0
def variant_qc():
    hl.variant_qc(get_mt()).rows()._force_count()
Ejemplo n.º 7
0
def sample_qc():
    hl.sample_qc(get_mt()).cols()._force_count()
Ejemplo n.º 8
0
def variant_and_sample_qc():
    mt = get_mt()
    hl.sample_qc(hl.variant_qc(mt))._force_count_rows()