Ejemplos de resource en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: methods_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def import_vcf_write():
    mt = hl.import_vcf(resource('profile.vcf.bgz'))
    out = hl.utils.new_temp_file(suffix='mt')
    mt.write(out)

Ejemplo n.º 2

Archivo: methods_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def export_vcf():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    out = hl.utils.new_temp_file(suffix='vcf.bgz')
    hl.export_vcf(mt, out)

Ejemplo n.º 3

Archivo: methods_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def split_multi_hts():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    hl.split_multi_hts(mt)._force_count_rows()

Ejemplo n.º 4

def import_vcf_count_rows():
    mt = hl.import_vcf(resource('profile.vcf.bgz'))
    mt.count_rows()

Ejemplo n.º 5

Archivo: methods_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def import_vcf_count_rows():
    mt = hl.import_vcf(resource('profile.vcf.bgz'))
    mt.count_rows()

Ejemplo n.º 6

Archivo: matrix_table_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def matrix_table_rows_force_count():
    ht = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt')).rows().key_by()
    ht._force_count()

Ejemplo n.º 7

Archivo: matrix_table_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def matrix_table_decode_and_count():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt._force_count_rows()

Ejemplo n.º 8

def matrix_table_entries_table():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt.entries()._force_count()

Ejemplo n.º 9

def matrix_table_rows_force_count():
    ht = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt')).rows().key_by()
    ht._force_count()

Ejemplo n.º 10

def matrix_table_aggregate_entries():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt.aggregate_entries(hl.agg.stats(mt.GQ))

Ejemplo n.º 11

def matrix_table_array_arithmetic():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt = mt.filter_rows(mt.alleles.length() == 2)
    mt.select_entries(
        dosage=hl.pl_dosage(mt.PL)).select_rows()._force_count_rows()

Ejemplo n.º 12

def import_vcf_write():
    mt = hl.import_vcf(resource('profile.vcf.bgz'))
    out = hl.utils.new_temp_file(suffix='mt')
    mt.write(out)

Ejemplo n.º 13

def split_multi_hts():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    hl.split_multi_hts(mt)._force_count_rows()

Ejemplo n.º 14

def export_vcf():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    out = hl.utils.new_temp_file(suffix='vcf.bgz')
    hl.export_vcf(mt, out)

Ejemplo n.º 15

Archivo: matrix_table_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def matrix_table_array_arithmetic():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt = mt.filter_rows(mt.alleles.length() == 2)
    mt.select_entries(dosage = hl.pl_dosage(mt.PL)).select_rows()._force_count_rows()

Ejemplo n.º 16

def matrix_table_rows_is_transition():
    ht = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt')).rows().key_by()
    ht.select(is_snp=hl.is_snp(ht.alleles[0], ht.alleles[1]))._force_count()

Ejemplo n.º 17

Archivo: matrix_table_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def matrix_table_entries_table():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt.entries()._force_count()

Ejemplo n.º 18

def matrix_table_decode_and_count():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt._force_count_rows()

Ejemplo n.º 19

Archivo: matrix_table_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def matrix_table_rows_is_transition():
    ht = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt')).rows().key_by()
    ht.select(is_snp = hl.is_snp(ht.alleles[0], ht.alleles[1]))._force_count()

Ejemplo n.º 20

def matrix_table_many_aggs_col_wise():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt = mt.annotate_cols(**many_aggs(mt))
    mt.cols()._force_count()

Ejemplo n.º 21

Archivo: matrix_table_benchmarks.py Proyecto: bcajes/hail

def matrix_table_many_aggs_col_wise():
    mt = hl.read_matrix_table(resource('profile.mt'))
    mt = mt.annotate_cols(**many_aggs(mt))
    mt.cols()._force_count()

Ejemplo n.º 22

Archivo: matrix_table_benchmarks.py Proyecto: zscu/hail

def matrix_table_entries_table_no_key():
    mt = hl.read_matrix_table(
        resource('profile.mt')).key_rows_by().key_cols_by()
    mt.entries()._force_count()