Ejemplos de expand_header en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_sambamba_parse.py Proyecto: MattWellie/chanjo

def test_expand_header_no_thresholds():
    header_row = BASE_HEADERS + SAMBAMBA_HEADERS + ["sampleName"]
    header = sambamba.expand_header(header_row)
    assert header["readCount"] == 3
    assert header["thresholds"] == {}
    assert header["extraFields"] == slice(3, 3)
    assert header["sampleName"] == 5

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_sambamba_parse.py Proyecto: BadSeby/chanjo

def test_expand_header_extra_cols():
    header_row = (BASE_HEADERS + EXTRA_HEADERS + SAMBAMBA_HEADERS
                  + ['sampleName'])
    header = sambamba.expand_header(header_row)
    assert header['readCount'] == 6
    assert header['extraFields'] == slice(3, 6)
    assert header['sampleName'] == 8

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_sambamba_parse.py Proyecto: BadSeby/chanjo

def test_expand_header_multi_thresholds():
    header_row = (BASE_HEADERS + SAMBAMBA_HEADERS + THRESHOLDS
                  + ['sampleName'])
    header = sambamba.expand_header(header_row)
    assert header['readCount'] == 3
    assert header['thresholds'] == {10: 5, 20: 6, 100: 7}
    assert header['sampleName'] == 8

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_sambamba_parse.py Proyecto: BadSeby/chanjo

def test_expand_header_single_threshold():
    header_row = (BASE_HEADERS + SAMBAMBA_HEADERS + THRESHOLDS[:1]
                  + ['sampleName'])
    header = sambamba.expand_header(header_row)
    assert header['readCount'] == 3
    assert header['thresholds'] == {10: 5}
    assert header['sampleName'] == 6

Ejemplo n.º 5

Archivo: test_sambamba_parse.py Proyecto: BadSeby/chanjo

def test_expand_header_no_thresholds():
    header_row = BASE_HEADERS + SAMBAMBA_HEADERS + ['sampleName']
    header = sambamba.expand_header(header_row)
    assert header['readCount'] == 3
    assert header['thresholds'] == {}
    assert header['extraFields'] == slice(3, 3)
    assert header['sampleName'] == 5

Ejemplo n.º 6

Archivo: test_sambamba_parse.py Proyecto: MattWellie/chanjo

def test_expand_header_extra_cols():
    header_row = BASE_HEADERS + EXTRA_HEADERS + SAMBAMBA_HEADERS + ["sampleName"]
    header = sambamba.expand_header(header_row)
    assert header["readCount"] == 6
    assert header["extraFields"] == slice(3, 6)
    assert header["sampleName"] == 8

Ejemplo n.º 7

Archivo: test_sambamba_parse.py Proyecto: MattWellie/chanjo

def test_expand_header_multi_thresholds():
    header_row = BASE_HEADERS + SAMBAMBA_HEADERS + THRESHOLDS + ["sampleName"]
    header = sambamba.expand_header(header_row)
    assert header["readCount"] == 3
    assert header["thresholds"] == {10: 5, 20: 6, 100: 7}
    assert header["sampleName"] == 8

Ejemplo n.º 8

Archivo: test_sambamba_parse.py Proyecto: MattWellie/chanjo

def test_expand_header_single_threshold():
    header_row = BASE_HEADERS + SAMBAMBA_HEADERS + THRESHOLDS[:1] + ["sampleName"]
    header = sambamba.expand_header(header_row)
    assert header["readCount"] == 3
    assert header["thresholds"] == {10: 5}
    assert header["sampleName"] == 6