Ejemplos de Variant.read_and_parse_vcf en Python

Ejemplo n.º 1

def grch38_vep95_annotated_variants_info_fixed(test_root: Path) -> List[Variant]:
    return list(
        Variant.read_and_parse_vcf(
            test_root.joinpath("examples/grch38_vep95_50_variants.info_fixed.vcf.gz")
        )
    )

Ejemplo n.º 2

def test_read_vcf_detect_vep_version(
    test_root: Path, caplog, vcf_pth: Path, vep_ver: int
):
    reader = Variant.read_and_parse_vcf(test_root.joinpath(vcf_pth))
    next(reader)
    assert f"VEP version {vep_ver}" in caplog.text

Ejemplo n.º 3

def grch37_vep85_annotated_variants(test_root: Path):
    return list(
        Variant.read_and_parse_vcf(
            test_root / "examples" / "grch37_vep85_5_variants.vcf"
        )
    )

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_data_structure.py Proyecto: tianguolangzi/CharGer

def charger_result(test_root: Path):
    variant = next(
        Variant.read_and_parse_vcf(test_root / "examples" /
                                   "grch37_vep85_5_variants.vcf"))
    return CharGerResult(variant)