Ejemplos de goldman_q_dna_triple en Python

Lenguaje de programación: Python

Namespace/Package Name: cogent.seqsim.usage

Método / Función: goldman_q_dna_triple

Ejemplos en hotexamples.com: 2

Python goldman_q_dna_triple - 2 ejemplos encontrados. Estos son los ejemplos en Python del mundo real mejor valorados de cogent.seqsim.usage.goldman_q_dna_triple extraídos de proyectos de código abierto. Puedes valorar ejemplos para ayudarnos a mejorar la calidad de los ejemplos.

Ejemplo n.º 1

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    def test_goldman_q_dna_triple(self):
        """Should return expected rate matrix"""
        seq1 = "ATGCATGCATGC"
        seq2 = "AAATTTGGGCCC"
        outgroup = "AATTGGCCAATT"

        expected = array([[-(1 / 2.0), (1 / 2.0), 0, 0], [0, 0, 0, 0],
                          [(1 / 3.0), 0, -(1 / 3.0), 0], [0, 0, 0, 0]])
        observed = goldman_q_dna_triple(seq1, seq2, outgroup)
        self.assertFloatEqual(observed, expected)

Ejemplo n.º 2

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Archivo: test_usage.py Proyecto: GavinHuttley/pycogent

    def test_goldman_q_dna_triple(self):
        """Should return expected rate matrix"""
        seq1 = "ATGCATGCATGC"
        seq2 = "AAATTTGGGCCC"
        outgroup = "AATTGGCCAATT"

        expected = array([[-(1/2.0), (1/2.0), 0, 0],
                          [0, 0, 0, 0],
                          [(1/3.0), 0, -(1/3.0), 0],
                          [0, 0, 0, 0]])
        observed = goldman_q_dna_triple(seq1, seq2, outgroup)
        self.assertFloatEqual(observed, expected)