Ejemplos de rowToAlignment en Python

Ejemplo n.º 1

    def _updateParticle(self, item, row):
        item.setClassId(row.getValue(md.RLN_PARTICLE_CLASS))
        item.setTransform(rowToAlignment(row, em.ALIGN_PROJ))

        item._rlnLogLikeliContribution = em.Float(
            row.getValue('rlnLogLikeliContribution'))
        item._rlnMaxValueProbDistribution = em.Float(
            row.getValue('rlnMaxValueProbDistribution'))
        item._rlnGroupName = em.String(row.getValue('rlnGroupName'))

Ejemplo n.º 2

Archivo: protocol_solid_angles.py Proyecto: I2PC/scipion

    def _updateClass(self, item):
        classId = item.getObjId()
        classRow = findRow(self.mdClasses, xmipp.MDL_REF2, classId)

        representative = item.getRepresentative()
        representative.setTransform(rowToAlignment(classRow, ALIGN_PROJ))
        representative.setLocation(xmippToLocation(classRow.getValue(xmipp.MDL_IMAGE)))
        setXmippAttributes(representative, classRow, xmipp.MDL_ANGLE_ROT)
        setXmippAttributes(representative, classRow, xmipp.MDL_ANGLE_TILT)
        setXmippAttributes(representative, classRow, xmipp.MDL_CLASS_COUNT)

        self.averageSet.append(representative)

        reprojection = Image()
        reprojection.setLocation(xmippToLocation(classRow.getValue(xmipp.MDL_IMAGE1)))
        item.reprojection = reprojection

Ejemplo n.º 3

Archivo: protocol_solid_angles.py Proyecto: dmaluenda/scipion

    def _updateClass(self, item):
        classId = item.getObjId()
        classRow = findRow(self.mdClasses, xmipp.MDL_REF2, classId)

        representative = item.getRepresentative()
        representative.setTransform(rowToAlignment(classRow, ALIGN_PROJ))
        representative.setLocation(xmippToLocation(classRow.getValue(xmipp.MDL_IMAGE)))
        setXmippAttributes(representative, classRow, xmipp.MDL_ANGLE_ROT)
        setXmippAttributes(representative, classRow, xmipp.MDL_ANGLE_TILT)
        setXmippAttributes(representative, classRow, xmipp.MDL_CLASS_COUNT)

        self.averageSet.append(representative)

        reprojection = Image()
        reprojection.setLocation(xmippToLocation(classRow.getValue(xmipp.MDL_IMAGE1)))
        item.reprojection = reprojection

Ejemplo n.º 4

Archivo: protocol_ml_classification.py Proyecto: I2PC/scipion

 def _updateParticle(self, item, row):
     from convert import rowToAlignment, OrderedDict, HEADER_COLUMNS
     item.setClassId(row[0])
     vals = OrderedDict(zip(HEADER_COLUMNS, row[1]))
     item.setTransform(rowToAlignment(vals, item.getSamplingRate()))

Ejemplo n.º 5

Archivo: protocol_refineasy.py Proyecto: yaizar/scipion-docker

 def _createItemMatrix(self, item, rowList):
     if rowList[1] == 1:
         item.setTransform(
             rowToAlignment(rowList[2:], alignType=em.ALIGN_PROJ))
     else:
         setattr(item, "_appendItem", False)

Ejemplo n.º 6

Archivo: protocol_ml2d.py Proyecto: I2PC/scipion

 def _updateParticle(self, item, row):
     item.setClassId(row.getValue(md.MDL_REF))
     item.setTransform(rowToAlignment(row, ALIGN_2D))

Ejemplo n.º 7

 def _createItemMatrix(self, item, row):
     from convert import rowToAlignment
     item.setTransform(rowToAlignment(row, item.getSamplingRate()))

Ejemplo n.º 8

Archivo: protocol_refineasy.py Proyecto: I2PC/scipion

 def _createItemMatrix(self, item, rowList):
     if rowList[1] == 1:
         item.setTransform(rowToAlignment(rowList[2:], alignType=em.ALIGN_PROJ))
     else:
         setattr(item, "_appendItem", False)

Ejemplo n.º 9

 def _updateParticle(self, item, row):
     item.setClassId(row.getValue(md.MDL_REF))
     item.setTransform(rowToAlignment(row, ALIGN_2D))

Ejemplo n.º 10

Archivo: protocol_refineasy.py Proyecto: josegutab/scipion

 def _createItemMatrix(self, item, rowList):
     item.setTransform(rowToAlignment(rowList[1:], alignType=em.ALIGN_PROJ))

Ejemplo n.º 11

Archivo: protocol_ml_classification.py Proyecto: EyeSeeTea/scipion-web

 def _updateParticle(self, item, row):
     from convert import rowToAlignment, OrderedDict, HEADER_COLUMNS
     item.setClassId(row[0])
     vals = OrderedDict(zip(HEADER_COLUMNS, row[1]))
     item.setTransform(rowToAlignment(vals, item.getSamplingRate()))