Ejemplos de locate en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_align.py Proyecto: vincenzopennone/BacPipe

def test_wildcards_in_adapter():
    r = 'CATCTGTCC' + WILDCARD_SEQUENCES[0] + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
    for a in WILDCARD_SEQUENCES:
        result = locate(a, r, 0.0, BACK, wildcard_ref=True)
        assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

    a = 'CCCXTTXATC'
    result = locate(a, r, 0.0, BACK, wildcard_ref=True)
    assert result is None

Ejemplo n.º 2

Archivo: testalign.py Proyecto: kdmurray91/cutadapt

def test_wildcards_in_adapter():
	r = 'CATCTGTCC' + WILDCARD_SEQUENCES[0] + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
	for a in WILDCARD_SEQUENCES:
		result = locate(a, r, 0.0, BACK, degenerate=ALLOW_WILDCARD_SEQ1)
		assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

	a = 'CCCXTTXATC'
	result = locate(a, r, 0.0, BACK, degenerate=ALLOW_WILDCARD_SEQ1)
	assert result[0:2] == (0, 0)

Ejemplo n.º 3

Archivo: testalign.py Proyecto: smorfopoulou/viral_denovo_pipeline

def test_wildcards_in_adapter():
    r = "CATCTGTCC" + WILDCARD_SEQUENCES[0] + "GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG"
    for a in WILDCARD_SEQUENCES:
        result = locate(a, r, 0.0, BACK, degenerate=ALLOW_WILDCARD_SEQ1)
        assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

    a = "CCCXTTXATC"
    result = locate(a, r, 0.0, BACK, degenerate=ALLOW_WILDCARD_SEQ1)
    assert result is None

Ejemplo n.º 4

Archivo: testalign.py Proyecto: BadSeby/cutadapt

def test_wildcards_in_adapter():
	r = 'CATCTGTCC' + WILDCARD_SEQUENCES[0] + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
	for a in WILDCARD_SEQUENCES:
		result = locate(a, r, 0.0, BACK, wildcard_ref=True)
		assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

	a = 'CCCXTTXATC'
	result = locate(a, r, 0.0, BACK, wildcard_ref=True)
	assert result is None

Ejemplo n.º 5

Archivo: testalign.py Proyecto: wgerlach/cutadapt

def test_wildcards_in_both():
	for a in WILDCARD_SEQUENCES:
		for s in WILDCARD_SEQUENCES:
			if 'X' in s or 'X' in a:
				continue
			r = 'CATCTGTCC' + s + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
			result = locate(a, r, 0.0, BACK, degenerate=ALLOW_WILDCARD_SEQ1|ALLOW_WILDCARD_SEQ2)
			assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

Ejemplo n.º 6

Archivo: testalign.py Proyecto: BadSeby/cutadapt

def test_wildcards_in_both():
	for a in WILDCARD_SEQUENCES:
		for s in WILDCARD_SEQUENCES:
			if 'X' in s or 'X' in a:
				continue
			r = 'CATCTGTCC' + s + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
			result = locate(a, r, 0.0, BACK, wildcard_ref=True, wildcard_query=True)
			assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

Ejemplo n.º 7

Archivo: testalign.py Proyecto: smorfopoulou/viral_denovo_pipeline

def test_wildcards_in_read():
    a = WILDCARD_SEQUENCES[0]
    for s in WILDCARD_SEQUENCES:
        r = "CATCTGTCC" + s + "GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG"
        result = locate(a, r, 0.0, BACK, degenerate=ALLOW_WILDCARD_SEQ2)
        if "X" in s:
            assert result is None
        else:
            assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

Ejemplo n.º 8

Archivo: testalign.py Proyecto: kdmurray91/cutadapt

def test_wildcards_in_read():
	a = WILDCARD_SEQUENCES[0]
	for s in WILDCARD_SEQUENCES:
		r = 'CATCTGTCC' + s + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
		result = locate(a, r, 0.0, BACK, degenerate=ALLOW_WILDCARD_SEQ2)
		if 'X' in s:
			assert result[0:2] == (0, 0)
		else:
			assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

Ejemplo n.º 9

Archivo: test_align.py Proyecto: vincenzopennone/BacPipe

def test_wildcards_in_read():
    a = WILDCARD_SEQUENCES[0]
    for s in WILDCARD_SEQUENCES:
        r = 'CATCTGTCC' + s + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
        result = locate(a, r, 0.0, BACK, wildcard_query=True)
        if 'X' in s:
            assert result is None
        else:
            assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

Ejemplo n.º 10

Archivo: testalign.py Proyecto: BadSeby/cutadapt

def test_wildcards_in_read():
	a = WILDCARD_SEQUENCES[0]
	for s in WILDCARD_SEQUENCES:
		r = 'CATCTGTCC' + s + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
		result = locate(a, r, 0.0, BACK, wildcard_query=True)
		if 'X' in s:
			assert result is None
		else:
			assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

Ejemplo n.º 11

Archivo: test_align.py Proyecto: vincenzopennone/BacPipe

def test_wildcards_in_both():
    for a in WILDCARD_SEQUENCES:
        for s in WILDCARD_SEQUENCES:
            if 'X' in s or 'X' in a:
                continue
            r = 'CATCTGTCC' + s + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
            result = locate(a,
                            r,
                            0.0,
                            BACK,
                            wildcard_ref=True,
                            wildcard_query=True)
            assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

Ejemplo n.º 12

Archivo: testalign.py Proyecto: himanshu-fff/cutadapt

def test_wildcards_in_both():
    for a in WILDCARD_SEQUENCES:
        for s in WILDCARD_SEQUENCES:
            if 'X' in s or 'X' in a:
                continue
            r = 'CATCTGTCC' + s + 'GCCAGGGTTGATTCGGCTGATCTGGCCG'
            result = locate(a,
                            r,
                            0.0,
                            BACK,
                            degenerate=ALLOW_WILDCARD_SEQ1
                            | ALLOW_WILDCARD_SEQ2)
            assert result == (0, 10, 9, 19, 10, 0), result

Ejemplo n.º 13

Archivo: testalign.py Proyecto: smorfopoulou/viral_denovo_pipeline

def test_no_match():
    a = locate("CTGATCTGGCCG", "AAAAGGG", 0.1, BACK)
    assert a is None, a

Ejemplo n.º 14

Archivo: testalign.py Proyecto: BadSeby/cutadapt

def test_polya():
	s = 'AAAAAAAAAAAAAAAAA'
	t = 'ACAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA'
	result = locate(s, t, 0.0, BACK)
	#start_s, stop_s, start_t, stop_t, matches, cost = result
	assert result == (0, len(s), 4, 4 + len(s), len(s), 0)

Ejemplo n.º 15

Archivo: testalign.py Proyecto: BadSeby/cutadapt

def test_no_match():
	a = locate('CTGATCTGGCCG', 'AAAAGGG', 0.1, BACK)
	assert a is None, a

Ejemplo n.º 16

Archivo: test_align.py Proyecto: vincenzopennone/BacPipe

def test_polya():
    s = 'AAAAAAAAAAAAAAAAA'
    t = 'ACAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA'
    result = locate(s, t, 0.0, BACK)
    #start_s, stop_s, start_t, stop_t, matches, cost = result
    assert result == (0, len(s), 4, 4 + len(s), len(s), 0)

Ejemplo n.º 17

Archivo: test_align.py Proyecto: vincenzopennone/BacPipe

def test_no_match():
    a = locate('CTGATCTGGCCG', 'AAAAGGG', 0.1, BACK)
    assert a is None, a