Ejemplos de simple_hierarchical_data en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: validations.py Proyecto: aflaxman/pymc-cook_et_al-software-validation

def bad_alpha_sampler_simple_sim(n=[33, 21, 22, 22, 24, 11]):
    # generate data and model
    d = data.simple_hierarchical_data(n)
    m = models.simple_hierarchical_model(d['y'])

    # fit model with MCMC, but with badly initialized step method
    mcmc = mc.MCMC(m)
    mcmc.use_step_method(mc.AdaptiveMetropolis, [m['inv_sigma_sq'], m['mu'], m['inv_tau_sq']])
    mcmc.use_step_method(mc.NoStepper, m['alpha'])
    mcmc.sample(60000, 10000, 10)

    return d, m

Ejemplo n.º 2

Archivo: validations.py Proyecto: aflaxman/pymc-cook_et_al-software-validation

def good_simple_sim(n=[33, 21, 22, 22, 24, 11]):
    # generate data and model
    d = data.simple_hierarchical_data(n)
    m = models.simple_hierarchical_model(d['y'])

    # fit model with MCMC
    mcmc = mc.MCMC(m)
    mcmc.use_step_method(mc.AdaptiveMetropolis, [m['inv_sigma_sq'], m['mu'], m['inv_tau_sq']])
    mcmc.use_step_method(mc.AdaptiveMetropolis, [m['alpha']])
    mcmc.sample(60000, 10000, 10)

    return d, m

Ejemplo n.º 3

Archivo: validations.py Proyecto: aflaxman/pymc-cook_et_al-software-validation

def bad_mu_prior_simple_sim(n=[33, 21, 22, 22, 24, 11]):
    # generate data and model, intentionally misspecifying prior on mu
    d = data.simple_hierarchical_data(n)
    m = models.simple_hierarchical_model(d['y'])
    m['mu'].parents['mu'] = -5.
    m['mu'].parents['tau'] = .001**-2

    # fit model with MCMC
    mcmc = mc.MCMC(m)
    mcmc.use_step_method(mc.AdaptiveMetropolis, [m['inv_sigma_sq'], m['mu'], m['inv_tau_sq']])
    mcmc.use_step_method(mc.AdaptiveMetropolis, [m['alpha']])
    mcmc.sample(60000, 10000, 10)

    return d, m

Ejemplo n.º 4

Archivo: tests.py Proyecto: aflaxman/pymc-cook_et_al-software-validation

 def test_simple_data(self):
     vars = data.simple_hierarchical_data([10,10,10])
     assert 'y' in vars

Ejemplo n.º 5

Archivo: tests.py Proyecto: afcarl/pymc-cook_et_al-software-validation

 def test_simple_data(self):
     vars = data.simple_hierarchical_data([10, 10, 10])
     assert 'y' in vars