Ejemplos de BioGrid en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: sgml/dipper

class BioGridTestCase(SourceTestCase):
    def setUp(self):
        self.source = BioGrid('rdf_graph', True)
        self.source.settestonly(True)
        self._setDirToSource()
        return

    def tearDown(self):
        self.source = None
        return

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: TomConlin/dipper

class BioGridTestCase(SourceTestCase):

    def setUp(self):
        self.source = BioGrid('rdf_graph', True)
        self.source.settestonly(True)
        self._setDirToSource()
        return

    def tearDown(self):
        self.source = None
        return

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: d3borah/dipper

class BioGridTestCase(SourceTestCase):

    def setUp(self):
        self.source = BioGrid()
        self.source.settestonly(True)
        self.source.test_ids = self._get_conf()['test_ids']['gene']
        self._setDirToSource()
        return

    def tearDown(self):
        self.source = None
        return

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: putmantime/dipper

class BioGridTestCase(SourceTestCase):

    def setUp(self):
        self.source = BioGrid('rdf_graph', True)
        self.source.settestonly(True)
        self.source.test_ids = self._get_conf()['test_ids']['gene']
        self._setDirToSource()
        return

    def tearDown(self):
        self.source = None
        return

Ejemplo n.º 5

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: tegar9000/dipper-1

class BioGridTestCase(SourceTestCase):
    def setUp(self):
        self.source = BioGrid('rdf_graph', True)
        self.source.settestonly(True)
        self._setDirToSource()
        return

    def tearDown(self):
        self.source = None
        return

    def test_interactor_to_gene_curie(self):
        self.assertEqual(
            'NCBIGene:3645446',
            self.source._interactor_to_gene_curie(
                'entrez gene/locuslink:3645446'))
        self.assertEqual(
            'BIOGRID:4383875',
            self.source._interactor_to_gene_curie('biogrid:4383875'))
        self.assertEqual(
            'UniProtKB:P0DTD2',
            self.source._interactor_to_gene_curie('uniprot/swiss-prot:P0DTD2'))

        self.assertEqual(None,
                         self.source._interactor_to_gene_curie('NOTAGENEID'))

Ejemplo n.º 6

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: TomConlin/dipper

 def setUp(self):
     self.source = BioGrid('rdf_graph', True)
     self.source.settestonly(True)
     self._setDirToSource()
     return

Ejemplo n.º 7

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: d3borah/dipper

 def setUp(self):
     self.source = BioGrid()
     self.source.settestonly(True)
     self.source.test_ids = self._get_conf()['test_ids']['gene']
     self._setDirToSource()
     return

Ejemplo n.º 8

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: sgml/dipper

 def setUp(self):
     self.source = BioGrid('rdf_graph', True)
     self.source.settestonly(True)
     self._setDirToSource()
     return

Ejemplo n.º 9

Archivo: test_biogrid.py Proyecto: putmantime/dipper

 def setUp(self):
     self.source = BioGrid('rdf_graph', True)
     self.source.settestonly(True)
     self.source.test_ids = self._get_conf()['test_ids']['gene']
     self._setDirToSource()
     return