Ejemplo n.º 1
0
def Thread_Rank(k):
    """ Method to be done by a thread from the pool"""
    pack = _args[0]
    item = Pack()
    item.name = k
    item.ratio = ratio(pack, k)
    return item
Ejemplo n.º 2
0
def Thread_Align(k):
    """ Method to be done by a thread from the pool"""
    pack = _args[0]
    item = Pack()
    item.name = k
    alinhamento = sw.align(pack, k)
    item.ratio = (alinhamento.mismatches +
                  fabs(len(pack) - len(k)) - alinhamento.matches) + len(pack)
    return item
Ejemplo n.º 3
0
def Rankilist(pack):
    cache = Cache()
    if _options.single:
        list_app = []
        for k in cache:
            item = Pack()
            item.name = k.name
            item.ratio = ratio(pack, k.name)
            list_app.append(item)
        return list_app
    else:
        _pool = Pool(processes=_MAX_PEERS)
        result = _pool.map(Thread_Rank, cache._set)
        return result
Ejemplo n.º 4
0
def SmithWaterman(pack):
    """ Method to execute the algorithm """
    cache = Cache()
    if _options.single:
        list_app = []
        for k in cache:
            item = Pack()
            item.name = k.name
            alinhamento = sw.align(pack, k.name)
            item.ratio = [alinhamento.matches, fabs(len(pack) - len(k.name)),
                          alinhamento.score, alinhamento.mismatches]
            list_app.append(item)
        return list_app
    else:
        _pool = Pool(processes=_MAX_PEERS)
        result = _pool.map(Thread_Align, cache._set)
        return result
Ejemplo n.º 5
0
def Thread_Rank(k):
    pack = _args[0]
    item = Pack()
    item.name = k
    item.ratio = ratio(pack, k)
    return item