xyzPath="recurTraj.xyz",
restartPdb=None)
##########################################################################################
#################################### RUN SIMULATION ####################################
## remove all .xyz trajectory files
files = [f for f in os.listdir(".") if os.path.isfile(f) and ".xyz" in f]
[os.remove(fname) for fname in files]
## run atoms
run_atoms(ENGINE, rang=4, xyzFrequency=None)
#run_molecules(ENGINE, xyzFrequency=None)
run_recurring_atoms(ENGINE,
rang=50,
explore=True,
refine=False,
xyzFrequency=None)
run_recurring_atoms(ENGINE,
rang=4,
explore=False,
refine=True,
xyzFrequency=None)
run_atoms(ENGINE, rang=4, xyzFrequency=None)
##########################################################################################
################################## PLOT PDF CONSTRAINT #################################
IMD_CONSTRAINT.plot(show=False)
B_CONSTRAINT.plot(show=False)
BA_CONSTRAINT.plot(show=False)
PDF_CONSTRAINT.plot(show=True)
atoms(ENGINE, explore=True, refine=False) atoms_type(ENGINE, explore=True, refine=False) PDF_CONSTRAINT.set_limits((None, None)) atoms(ENGINE, explore=False, refine=False) about0(ENGINE) about1(ENGINE) about2(ENGINE) along0(ENGINE) along1(ENGINE) along2(ENGINE) molecules(ENGINE) atoms(ENGINE, explore=True, refine=False) # allow scale adjustment PDF_CONSTRAINT.set_adjust_scale_factor((10, 0.8, 1.2)) about0(ENGINE) about1(ENGINE) about2(ENGINE) along0(ENGINE) along1(ENGINE) along2(ENGINE) molecules(ENGINE) atoms(ENGINE, explore=True, refine=False) ########################################################################################## #################################### PLOT CONSTRAINTS ################################## PDF_CONSTRAINT.plot(show=False) EMD_CONSTRAINT.plot(show=False) B_CONSTRAINT.plot(lineWidth=2, nbins=20, split='element', show=False) BA_CONSTRAINT.plot(lineWidth=2, nbins=20, split='element', show=False) IA_CONSTRAINT.plot(lineWidth=2, nbins=20, split='element', show=True)