def recuperaInfos(self):
completaArquivoConfig()
descricao = pegaConfig("descricaoDataset").strip()
afinidade = pegaConfig("tipoAfinidade").strip()
afinidade = converteStringDeltaG(afinidade)
data = pegaConfig("data").strip()
experimento = pegaConfig("nomeExperimento").strip()
self.label_descricao.setText(descricao)
self.label_afinidade.setText(afinidade)
self.label_toExperiment.setText(experimento)
self.label_experimento.setText(experimento)
self.label_experimento.setText(experimento)
self.label_data.setText(data)
excluiLigantes = pegaConfig("excluiLigantes").strip()
if excluiLigantes != "yes":
self.label_deleteLigand.setText("no")
else:
self.label_deleteLigand.setText("yes")
if not(pegaConfig("spearman") is None):
self.label_comentarios.setText(pegaConfig("comentarios").replace("<vg>", ","))
self.label_quantia.setText(pegaConfig("quantidadeProteinas").strip())
else:
self.label_comentarios.setText("null")
self.label_spearman.setText("null")
self.label_quantia.setText("null")
def baixaPdb(self):
conj = (self.plainTextEdit_pdbs.toPlainText())
conj = conj.replace(',', ', ')
conj = conj.replace(' ', ' ')
list = (conj.split())
if (len(list)) < 20:
reply = QtGui.QMessageBox.warning(
self, 'Alert',
"The amount of structures is insufficient (<20) for performing experiments."
+ "\n" + "The download will not be performed.",
QtGui.QMessageBox.Ok)
pass
else:
reply = QtGui.QMessageBox.question(
self, 'Download Structures',
"This operation may take several minutes. Do you want to proceed?",
QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No,
QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
quantIni = self.label_quantia.text()
if pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip() == "null":
gravaConfig("quantidadeInicialProteinas", quantIni)
self.label_estruturaInicial.setText(quantIni)
else:
pass
self.label_relogio.show()
self.movie.start()
self.baixaPdbOk(self)
else:
pass
completaArquivoConfig()
def recuperarExperimentos(self):
self.escondeBotoes()
reply = QtGui.QMessageBox.question(self, 'Message',"Attention: It is important to save the current experiment before!!!"+"\n"+"\n"+"Do you really want to recover this experiment?", QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No, QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
QtGui.QApplication.processEvents() # para não travar usar antes de loops
self.label_relogio.show()
self.movie.start()
QtGui.QApplication.processEvents() # para não travar
self.nomeConjunto = self.comboBox_arquivos.currentText()
# copia pastas para o novo conjunto
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/outputFiles/"
destino = "./outputFiles/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/pdbs/"
destino = "./pdbs/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/ki/"
destino = "./ki/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/inputFiles/"
destino = "./inputFiles/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/models/"
destino = "./models/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/results/"
destino = "./results/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
# as funcoes abaixo demv ficar nesta ordem
completaPastas() # cria pastas que nao existam
completaArquivoConfig() # novas versões podem conter novas tags
self.recuperaInfos()
now = str(datetime.now())
now = now.replace(" ", "")
now = now.replace("-", "")
now = now.replace(":", "")
#d = "_"+now[0:14]
self.lineEdit_experimento.setText(pegaConfig("nomeExperimento").strip())
self.label_comentarios.setText(pegaConfig("comentarios").replace("<vg>", ","))
self.label_quantia.setText(pegaConfig("quantidadeProteinas").strip())
self.label_estruturaInicial.setText(pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
QtGui.QMessageBox.information(self, "Message", "Operation completed")
self.label_relogio.hide()
self.movie.stop
self.mostraBotoes()
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
else:
self.mostraBotoes()
pass
def novo(self):
self.escondeBotoes()
self.groupBox_PdbEntrada.setDisabled(False)
self.checkBox_eliminateLigand.setChecked(True)
mensagem = "The current experiment will be cleaned. It's important to save it before." + "\n"
if (pegaConfig("descricaoDataset")).strip() == 'null':
mensagem = ''
reply = QtGui.QMessageBox.question(
self, 'Creates a new experiment',
mensagem + "Do you want to proceed?",
QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No, QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
self.textoInicalPdb = ''
self.textoInicalPdbTestSet = ''
self.textoInicialComentarios = 'null'
self.textoInicialConfig = 'null'
limpaPastas()
completaArquivoConfig()
self.limpaTexto()
self.label_experimentName.clear()
self.label_quantia.setText('')
self.label_outliers.setText('no')
self.label_estruturaInicial.setText('')
self.habilitaCampos()
self.toolButton_novo.setEnabled(False)
self.toolButton_edita.setEnabled(False)
self.toolButton_exit.setEnabled(False)
self.toolButton_saveText.setEnabled(True)
self.toolButton_cancela.setEnabled(True)
self.groupBox.setEnabled(True)
self.groupBox_2.setEnabled(True)
self.groupBox_3.setEnabled(True)
self.radioButton_training.setChecked(True)
self.radioButton_Ki.setChecked(True)
self.plainTextEdit_descricao.setPlainText('null')
self.plainTextEdit_pdbs.insertPlainText('')
gravaConfig("quantidadeInicialProteinas", 'null')
self.habilitaUmaCaixaPDB()
self.label_experimentName.setText(
"*** Experiment not saved yet ***")
else:
self.toolButton_novo.setEnabled(True)
self.toolButton_edita.setEnabled(True)
self.toolButton_exit.setEnabled(True)
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.toolButton_saveText.setEnabled(False)
self.toolButton_cancela.setEnabled(False)
self.groupBox.setEnabled(False)
self.groupBox_2.setEnabled(False)
self.groupBox_3.setEnabled(False)
self.radioButton_training.setChecked(False)
self.radioButton_Ki.setChecked(False)
pass
def __init__(self, parent=None):
QtGui.QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.window1 = None
self.setFixedSize(900, 645)
completaArquivoConfig()
self.label_cabecalho.setText("")
self.label_textoProgresso.setText("")
quantia = pegaConfig("quantidadeProteinas").strip()
self.label_estruturaInicial.setText(
pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
if quantia != None:
self.label_quantia.setText(quantia.strip())
self.desabilitaCampos()
self.toolButton_saveText.setEnabled(False)
self.toolButton_ClearText.setEnabled(False)
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.toolButton_cancela.setEnabled(False)
self.toolButton_refina.setEnabled(False)
self.groupBox.setEnabled(False)
self.groupBox_2.setEnabled(False)
self.groupBox_3.setEnabled(False)
self.label_relogio.hide()
self.label_experimentName.setText(
pegaConfig("nomeExperimento").strip())
if self.label_experimentName.text() == "":
self.label_experimentName.setText(
"*** Experiment not saved yet ***")
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
self.movie = QtGui.QMovie("./img/gifTempo.gif")
self.label_relogio.setMovie(self.movie)
self.radioButton_deltaG.setText(converteStringDeltaG('deltaG'))
if pegaConfig("geraSets").strip() == "y":
self.radioButton_trainingTest.setChecked(True)
else:
self.radioButton_unico.setChecked(True)
self.carrega()
if not (self.radioButton_trainingTest.isChecked()
): # o usuário nao separou os arquivos
self.habilitaUmaCaixaPDB()
self.carregaUmacaixaPDB(
) # carrega uma caixa pois os arquvivos teste e treino serão separados depois
def carrega(self):
completaArquivoConfig()
self.plainTextEdit_descricao.setPlainText(
pegaConfig("descricaoDataset").strip())
self.plainTextEdit_Comentarios.setPlainText(
pegaConfig("comentarios").replace("<vg>", ","))
self.marcaAfinidade()
self.marcaTipoMedia()
self.marcaExluiLigantesRepetidos()
self.label_estruturaInicial.setText(
pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
self.label_quantia.setText(pegaConfig("quantidadeProteinas").strip())
if self.existePdbSeparado():
self.habilitaDuasCaixasPDB()
self.carregaDuasCaixasPDB()
else:
self.habilitaUmaCaixaPDB()
self.carregaUmacaixaPDB()
self.textoInicalPdb = self.plainTextEdit_pdbs.toPlainText()
self.textoInicalPdbTestSet = self.plainTextEdit_pdbsTestSet.toPlainText(
)
self.textoInicialConfig = self.plainTextEdit_descricao.toPlainText()
self.textoInicialComentarios = self.plainTextEdit_Comentarios.toPlainText(
)
def __init__(self):
self.versao = "Version 2.3.1.2" # seta a versao do taba na tela principal
# Explaining super is out of the scope of this article
# So please google it if you're not familar with it
# Simple reason why we use it here is that it allows us todi
# access variables, methods etc in the design.py file
super(self.__class__, self).__init__()
self.setupUi(self) # This is defined in design.py file automatically
# It sets up layout and widgets that are defined
#self.toolButton_regressao.clicked.connect(self.fazRegressao()) # When the button is pressed
# Execute browse_folder function
#QtGui.QMessageBox.information(self, "Attention", "Entrou novamente")
self.move(80, 50)
self.setFixedSize(822, 300)
self.window2 = None
self.window3 = None
self.window4 = None
self.window5 = None
self.window6 = None
self.window7 = None
self.window8 = None
self.window9 = None
diret = "./arquivosSaida/"
self.label_version.setText(self.versao)
limpa_arquivosSf(diret)
# as funcoes abaixo devem ficar nesta ordem
completaPastas() # cria pastas que nao existam
completaArquivoConfig() # novas versões podem conter novas tags
completaArquivoConfigTaba() # novas versões podem conter novas tags
self.limparExperimento()
self.verificaRodando()
apagaArquivo(
"logs.log"
) # limpa arquivo de log de erros que são necessarios somente em testes
criaArquivo("logs.log")
self.criaAtalho()
def salvaOk(self):
diretorio = "./inputFiles/"
arquivo = "pdbsProteina.txt"
arquivoSai = diretorio + arquivo
self.textoConfig = self.plainTextEdit_descricao.toPlainText()
self.textoConfig = self.textoConfig.strip()
textoPdbTraining = self.plainTextEdit_pdbs.toPlainText()
textoPdbTraining = textoPdbTraining.replace(" ", "")
textoPdbTraining = textoPdbTraining.replace(
",,", ",") # caso tenha esquecido alguma virgula
textoPdbTraining = textoPdbTraining.upper()
textoPdbTraining = textoPdbTraining.strip()
self.plainTextEdit_pdbs.setPlainText(textoPdbTraining)
if textoPdbTraining.endswith(','): # retira virgula se apos o texto
textoPdbTraining = textoPdbTraining[:-1]
self.plainTextEdit_pdbs.setPlainText(textoPdbTraining)
textoPdbTest = self.plainTextEdit_pdbsTestSet.toPlainText()
textoPdbTest = textoPdbTest.replace(" ", "")
textoPdbTest = textoPdbTest.replace(",,", ",")
textoPdbTest = textoPdbTest.upper()
textoPdbTest = textoPdbTest.strip()
self.plainTextEdit_pdbsTestSet.setPlainText(textoPdbTest)
if textoPdbTest.endswith(','): # retira virgula se apos o texto
textoPdbTest = textoPdbTest[:-1]
self.plainTextEdit_pdbsTestSet.setPlainText(textoPdbTest)
if len(textoPdbTest) > 0: # se conjunto teste existe coloca virgula
vg = ","
else:
vg = ""
if self.radioButton_trainingTest.isChecked():
textoPdb = textoPdbTraining + vg + textoPdbTest #une os dois conjunttos
else:
textoPdb = textoPdbTraining
grava(textoPdb, arquivoSai)
if self.radioButton_trainingTest.isChecked(
): # o usuário separou os arquivos
self.gravaTreinoSet(textoPdbTraining, textoPdbTest, diretorio)
else:
self.habilitaUmaCaixaPDB()
self.carregaUmacaixaPDB(
) # carrea uma caixa pois os arquvivos teste e treino serão separados depois
lista = leCsv(arquivoSai)
self.quantidadeProteinas = len(lista)
self.salvaConfig()
self.label_quantia.setText(pegaConfig("quantidadeProteinas").strip())
# define tipo inibidor
if self.radioButton_Kd.isChecked():
self.inibidor = "Kd"
elif self.radioButton_Ki.isChecked():
self.inibidor = "Ki"
elif self.radioButton_IC50.isChecked():
self.inibidor = "IC50"
elif self.radioButton_EC50.isChecked():
self.inibidor = "EC50"
elif self.radioButton_deltaG.isChecked():
self.inibidor = "deltaG"
gravaConfig("tipoAfinidade", self.inibidor.strip())
#define tipo media
if self.radioButton_training.isChecked():
self.media = "training"
elif self.radioButton_individual.isChecked():
self.media = "individual"
gravaConfig("tipoMedia", self.media.strip())
comentarios = self.plainTextEdit_Comentarios.toPlainText()
comentarios = comentarios.replace(",", "<vg>")
gravaConfig("comentarios", comentarios)
completaArquivoConfig()
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.desabilitaCampos()
self.toolButton_saveText.setEnabled(False)
self.toolButton_ClearText.setEnabled(False)
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.toolButton_cancela.setEnabled(False)
self.toolButton_edita.setEnabled(True)
self.toolButton_refina.setEnabled(False)
self.toolButton_novo.setEnabled(True)
self.toolButton_exit.setEnabled(True)
# para poder desfazer
self.textoInicalPdb = self.plainTextEdit_pdbs.toPlainText()
self.textoInicalPdbTestSet = self.plainTextEdit_pdbsTestSet.toPlainText(
)
self.textoInicialConfig = self.plainTextEdit_descricao.toPlainText()
self.textoInicialComentarios = self.plainTextEdit_Comentarios.toPlainText(
)
self.plainTextEdit_pdbs.setEnabled(False)