Ejemplos de GeminiInheritanceModelFactory en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: gemini_browser.py Proyecto: heuermh/gemini

def de_novo():

    Arguments = namedtuple('Arguments', ['db', 'min_sample_depth'], verbose=True)
    # user clicked the "submit" button
    if request.GET.get('submit', '').strip():

        min_sample_depth = str(request.GET.get('min-depth', '').strip())
        igv_links = request.GET.get('igv_links')

        args = Arguments(db=database, min_sample_depth=min_sample_depth)

        de_novo_factory = \
            GeminiInheritanceModelFactory(args, model="de_novo")
        de_novo_factory.get_candidates()

        if len(min_sample_depth) == 0:
            row_iter = \
                de_novo_tool.get_de_novo_candidates(gq.c)
        else:
            row_iter = \
                de_novo_tool.get_de_novo_candidates(gq.c, int(min_sample_depth))

        return template('de_novo.j2', dbfile=database,
                        rows=row_iter,
                        igv_links=igv_links)

    else:
        return template('de_novo.j2', dbfile=database)

Ejemplo n.º 2

def de_novo():

    Arguments = namedtuple('Arguments', ['db', 'min_sample_depth'],
                           verbose=True)
    # user clicked the "submit" button
    if request.GET.get('submit', '').strip():

        min_sample_depth = str(request.GET.get('min-depth', '').strip())
        igv_links = request.GET.get('igv_links')

        args = Arguments(db=database, min_sample_depth=min_sample_depth)

        de_novo_factory = \
            GeminiInheritanceModelFactory(args, model="de_novo")
        de_novo_factory.get_candidates()

        if len(min_sample_depth) == 0:
            row_iter = \
                de_novo_tool.get_de_novo_candidates(gq.c)
        else:
            row_iter = \
                de_novo_tool.get_de_novo_candidates(gq.c, int(min_sample_depth))

        return template('de_novo.j2',
                        dbfile=database,
                        rows=row_iter,
                        igv_links=igv_links)

    else:
        return template('de_novo.j2', dbfile=database)

Ejemplo n.º 3

Archivo: tool_de_novo_mutations.py Proyecto: nlbigas/gemini

def run(parser, args):
    if os.path.exists(args.db):
        de_novo_factory = \
            GeminiInheritanceModelFactory(args, model="de_novo")
        de_novo_factory.get_candidates()

Ejemplo n.º 4

Archivo: tool_mendel_errors.py Proyecto: yyxql/Genomics_Docker

def run(parser, args):
    if os.path.exists(args.db):
        mendel_violation_factory = \
            GeminiInheritanceModelFactory(args, model="mendel_violations")
        mendel_violation_factory.get_candidates()

Ejemplo n.º 5

Archivo: tool_autosomal_dominant.py Proyecto: heuermh/gemini

def run(parser, args):
    if os.path.exists(args.db):
        auto_dominant_factory = \
            GeminiInheritanceModelFactory(args, model="auto_dom")
        auto_dominant_factory.get_candidates()

Ejemplo n.º 6

Archivo: tool_mendel_errors.py Proyecto: heuermh/gemini

def run(parser, args):
    if os.path.exists(args.db):
        factory = GeminiInheritanceModelFactory(args, model="mendel_violations")
        factory.get_candidates()

Ejemplo n.º 7

def run(parser, args):
    if os.path.exists(args.db):
        auto_recessive_factory = \
            GeminiInheritanceModelFactory(args, model="auto_rec")
        auto_recessive_factory.get_candidates()