Ejemplos de ComplexDecoy en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: prepare_cluster.py Proyecto: EricTing/script

from gpu_decoy_class import ComplexDecoy

if __name__ == "__main__":
    import sys
    complx_name = sys.argv[1]
    complx = ComplexDecoy(complx_name)
    complx.cleanAll()
    complx.vstackAll()
    complx.sortMcc()
    complx.splitSortedMcc()
    complx.printMccEner()

Ejemplo n.º 2

Archivo: z_score.py Proyecto: EricTing/script

from gpu_decoy_class import ComplexDecoy

if __name__ == "__main__":
    import sys
    complx_name = sys.argv[1]
    complx = ComplexDecoy(complx_name)
    complx.cleanAll()
    complx.extractMccTotalEner(shuffled=True)
    z_score = complx.calculateWholeZ_Score()
    print complx_name, z_score
    

    ################################################################################
    # z_scores = complx.calculatePartialZ_Score(step=1000)
    # for i in z_scores:
    #     print i

Ejemplo n.º 3

Archivo: extract_track.py Proyecto: EricTing/script

from gpu_decoy_class import ComplexDecoy

if __name__ == "__main__":
    import sys
    complx_name = sys.argv[1]
    complx = ComplexDecoy(complx_name)
    complx.extractTrack()

Ejemplo n.º 4

Archivo: clustering_check.py Proyecto: EricTing/script

from lst_sub import getLst
from gpu_decoy_class import ComplexDecoy

if __name__ == "__main__":
    import sys
    lst_fn = sys.argv[1]
    complxes = getLst(lst_fn)
    for complx_name in complxes:
        complx = ComplexDecoy(complx_name)
        complx.checkClusteringRslt()