Ejemplos de default_exome_intervals en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: combiner_benchmarks.py Proyecto: tpoterba/hail

def import_gvcf_force_count(path):
    intervals = vc_all.default_exome_intervals('GRCh38')
    [mt] = hl.import_gvcfs([path], intervals, reference_genome='GRCh38')
    mt._force_count_rows()

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_vcf_combiner.py Proyecto: MikeyRupert/hail

def test_gvcf_subset_same_as_import_vcf():
    path = os.path.join(resource('gvcfs'), 'subset', f'HG00187.hg38.g.vcf.gz')
    [mt] = hl.import_gvcfs([path], vc.default_exome_intervals('GRCh38'), reference_genome='GRCh38')
    assert mt._same(hl.import_vcf(path, force_bgz=True, reference_genome='GRCh38').key_rows_by('locus'))

Ejemplo n.º 3

Archivo: combiner_benchmarks.py Proyecto: tpoterba/hail

def import_and_transform_gvcf(path):
    intervals = vc_all.default_exome_intervals('GRCh38')
    [mt] = hl.import_gvcfs([path], intervals, reference_genome='GRCh38')
    mt = vc_all.transform_gvcf(mt)
    mt._force_count()