def test_pairwise_ld_monomorphic(self):
''' test we don't compute LD with monomorphic markers
'''
var1 = [('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G')]
var2 = [('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G')]
is_haploid = [False] * len(var1)
self.assertIsNone(pairwise_ld(var1, var2, is_haploid))
# check it gives none even if only one marker is monomorphic
var3 = [('G', 'A'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G')]
self.assertIsNone(pairwise_ld(var1, var3, is_haploid))
def check_ld(var1, var1_geno, var2, var2_geno, ploidy):
''' get a dictionary with variant coords and LD details
'''
data = {
'chrom': var1.chrom,
'var1': {
'pos': var1.pos,
'id': var1.id,
'ref': var1.ref,
'alt': var1.alts[0]
},
'var2': {
'pos': var2.pos,
'id': var2.id,
'ref': var2.ref,
'alt': var2.alts[0]
},
'r_squared': None,
'dprime': None,
'phase': None
}
linkage = pairwise_ld(var1_geno, var2_geno, ploidy)
if linkage is not None:
data['r_squared'] = linkage.r_squared
data['dprime'] = linkage.dprime
data['phase'] = linkage.phase
return data
def test_lacks_haplotypes(self):
''' test pairwise_ld when missing some haplotypes
'''
var1 = [('0', '0'), ('0', '0'), ('0', '0'), ('1', '1'), (None, '1')]
var2 = [('0', '0'), ('0', '0'), ('0', '0'), (None, None), ('1', '1')]
is_haploid = [False] * len(var1)
linkage = pairwise_ld(var1, var2, is_haploid)
self.assertEqual(linkage.dprime, 1)
self.assertEqual(linkage.r_squared, 0)
self.assertEqual(linkage.freqs, [0, 0, 0, 0])
def test_pairwise_ld_haploid(self):
''' check pairwise_ld can handle single entry genotypes
'''
var1 = [('G'), ('G'), ('A'), ('G', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'G'),
('G', 'A'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G'), ('G', 'G')]
var2 = [('G'), ('G'), ('A'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G'), ('G', 'A')]
is_haploid = [False] * len(var1)
linkage = pairwise_ld(var1, var2, is_haploid)
self.assertEqual(linkage.dprime, 0.5925925925925927)
self.assertEqual(linkage.r_squared, 0.24951267056530224)
def test_pairwise_ld(self):
''' check pairwise_ld works correctly
'''
var1 = [('A', 'A'), ('A', 'A'), ('A', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'G'),
('A', 'G'), ('A', 'A'), ('A', 'A'), ('G', 'G')]
var2 = [('A', 'A'), ('A', 'A'), ('A', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'G'),
('A', 'G'), ('A', 'A'), ('G', 'G'), ('G', 'G')]
is_haploid = [
False, False, False, False, False, False, False, True, True, True
]
linkage = pairwise_ld(var1, var2, is_haploid)
self.assertEqual(linkage.dprime, 0.9999999995259259)
self.assertEqual(linkage.r_squared, 0.7714285713447618)
def test_pairwise_ld_low_dprime(self):
''' check pairwise_ld works correctly for variants with low D'
'''
var1 = [('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'G'),
('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G')]
var2 = [('G', 'G'), ('G', 'G'), ('A', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G'), ('G', 'A'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('A', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G'), ('A', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'G'),
('G', 'G'), ('G', 'G'), ('G', 'A')]
is_haploid = [False] * len(var1)
linkage = pairwise_ld(var1, var2, is_haploid)
self.assertEqual(linkage.dprime, 0.37448437109790317)
self.assertEqual(linkage.r_squared, 0.05227073010963888)