Ejemplos de CpcUtil en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: run_cpc.py Proyecto: imanp/md_tools

if args.max:
    maxCores = args.max



if args.step == "em":
    if (not os.path.isfile(FileNames.GROMPP_EM)):
        print "File %s is required to proceed"%FileNames.GROMPP_EM
        sys.exit(1)


    filePathList =  glob.glob("%s/%s"%(ProjectDirectories.CONF_DIR,"conf*.pdb"))
    filePathList = sorted_nicely(set(filePathList))

    CpcUtil.buildMDWorkflow(getEmProjectName(),FileNames.GROMPP_EM,filePathList,maxCores=maxCores)

elif args.step == "prod":
    if (not os.path.isfile(FileNames.GROMPP_PROD)):
        print "File %s is required to proceed"%FileNames.GROMPP_PROD
        sys.exit(1)
    print "Starting a prod project"


    filePathList =  glob.glob("%s/%s"%(ProjectDirectories.EQUILIBRATION_DIR,"conf*.gro"))
    filePathList = sorted_nicely(set(filePathList))


    # cmdLine = "\"-npme 42\""
    # CpcUtil.buildMDWorkflow(getProjectName(),FileNames.GROMPP_PROD,filePathList,maxCores=maxCores,cmdLine=cmdLine)
    CpcUtil.buildMDWorkflow(getProjectName(),FileNames.GROMPP_PROD,filePathList,maxCores=maxCores)