def read_frame(file_unit,frame,io_vars=None,io_pos=None):
temp_frame=cl_frame()
io_pos=io_vars[2]+frame*io_vars[3]
io_pos,temp_frame.cell,temp_frame.coors,io_err,io_end=libdcd.read(file_unit,io_vars[0],io_vars[20],io_pos)
temp_frame.cell2box()
temp_frame.wrap()
return temp_frame,io_pos,io_err,io_end # frame,io_pos,io_err,io_end
def read_next(file_unit,io_vars=None,io_pos=None):
temp_frame=cl_frame()
#temp_frame.coors=empty((natoms,3),dtype=float32)
#temp_frame.box=empty((3,3),float32)
io_pos,temp_frame.cell,temp_frame.coors,io_err,io_end=libdcd.read(file_unit,io_vars[0],io_vars[20],io_pos)
temp_frame.cell2box()
temp_frame.wrap()
return temp_frame,io_pos,io_err,io_end # frame,io_pos,io_err,io_end
def read_frame(file_unit,frame,io_vars=None,io_pos=None,wrap=True):
temp_frame=cl_frame()
io_pos=io_vars[2]+frame*io_vars[3]
io_pos,temp_frame.cell,temp_frame.coors,io_err,io_end=libdcd.read(file_unit,io_vars[0],io_vars[20],io_pos)
temp_frame.cell2box()
temp_frame.box2invbox()
if wrap:
temp_frame.wrap()
#temp_frame.time=
#temp_frame.step=
return temp_frame,io_pos,io_err,io_end # frame,io_pos,io_err,io_end