Ejemplo n.º 1
0
def read_frame(file_unit,frame,io_vars=None,io_pos=None):

    temp_frame=cl_frame()
    io_pos=io_vars[2]+frame*io_vars[3]
    io_pos,temp_frame.cell,temp_frame.coors,io_err,io_end=libdcd.read(file_unit,io_vars[0],io_vars[20],io_pos)
    temp_frame.cell2box()
    temp_frame.wrap()
    return temp_frame,io_pos,io_err,io_end  # frame,io_pos,io_err,io_end
Ejemplo n.º 2
0
def read_next(file_unit,io_vars=None,io_pos=None):

    temp_frame=cl_frame()
    #temp_frame.coors=empty((natoms,3),dtype=float32)
    #temp_frame.box=empty((3,3),float32)

    io_pos,temp_frame.cell,temp_frame.coors,io_err,io_end=libdcd.read(file_unit,io_vars[0],io_vars[20],io_pos)
    temp_frame.cell2box()
    temp_frame.wrap()
    return temp_frame,io_pos,io_err,io_end  # frame,io_pos,io_err,io_end
Ejemplo n.º 3
0
def read_frame(file_unit,frame,io_vars=None,io_pos=None,wrap=True):

    temp_frame=cl_frame()
    io_pos=io_vars[2]+frame*io_vars[3]
    io_pos,temp_frame.cell,temp_frame.coors,io_err,io_end=libdcd.read(file_unit,io_vars[0],io_vars[20],io_pos)
    temp_frame.cell2box()
    temp_frame.box2invbox()
    if wrap:
        temp_frame.wrap()
    #temp_frame.time=
    #temp_frame.step=
    return temp_frame,io_pos,io_err,io_end  # frame,io_pos,io_err,io_end