Ejemplos de merge_indels en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_bam.py Proyecto: shenjia1/mavis

 def test_mixed(self):
     c = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.I, 2),
          (CIGAR.D, 1), (CIGAR.EQ, 2)]
     exp = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.I, 4), (CIGAR.D, 2), (CIGAR.EQ, 2)]
     self.assertEqual(exp, _cigar.merge_indels(c))

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_bam.py Proyecto: shenjia1/mavis

 def test_del_before_ins(self):
     c = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.EQ, 2)]
     exp = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.EQ, 2)]
     self.assertEqual(exp, _cigar.merge_indels(c))

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_bam.py Proyecto: shenjia1/mavis

 def test_ins_before_del(self):
     exp = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.EQ, 2)]
     self.assertEqual(exp, _cigar.merge_indels(exp))

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_bam.py Proyecto: shenjia1/mavis

    def test_no_events(self):
        c = [(CIGAR.EQ, 1)]
        self.assertEqual(c, _cigar.merge_indels(c))

        c = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.X, 3), (CIGAR.EQ, 10)]
        self.assertEqual(c, _cigar.merge_indels(c))

Ejemplo n.º 5

 def test_mixed(self):
     c = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.EQ, 2)]
     exp = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.I, 4), (CIGAR.D, 2), (CIGAR.EQ, 2)]
     assert _cigar.merge_indels(c) == exp

Ejemplo n.º 6

 def test_ins_before_del(self):
     exp = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.EQ, 2)]
     assert _cigar.merge_indels(exp) == exp

Ejemplo n.º 7

 def test_del_before_ins(self):
     c = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.EQ, 2)]
     exp = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.I, 2), (CIGAR.D, 1), (CIGAR.EQ, 2)]
     assert _cigar.merge_indels(c) == exp

Ejemplo n.º 8

    def test_no_events(self):
        c = [(CIGAR.EQ, 1)]
        assert _cigar.merge_indels(c) == c

        c = [(CIGAR.EQ, 1), (CIGAR.X, 3), (CIGAR.EQ, 10)]
        assert _cigar.merge_indels(c) == c