Ejemplos de get_sequence_from_AA3 en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_parse.py Proyecto: he-leon/meld

    def test_can_handle_all_residues(self):
        content = 'ALA CYS ASP GLU PHE GLY HIE ILE LYS LEU MET ASN PRO GLN ARG SER THR VAL TRP TYR'

        result = parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

        self.assertEqual(
            result,
            'NALA CYS ASP GLU PHE GLY HIE ILE LYS LEU MET ASN PRO GLN ARG SER THR VAL TRP CTYR'
        )

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_parse.py Proyecto: maccallumlab/meld

    def test_can_handle_all_residues(self):
        content = "ALA CYS ASP GLU PHE GLY HIE ILE LYS LEU MET ASN PRO GLN ARG SER THR VAL TRP TYR"

        result = parse.get_sequence_from_AA3(content=content)

        self.assertEqual(
            result,
            "NALA CYS ASP GLU PHE GLY HIE ILE LYS LEU MET ASN PRO GLN ARG SER THR VAL TRP CTYR",
        )

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_parse.py Proyecto: frank-stonybrook/meld

    def test_raises_error_on_bad_residue(self):
        content = 'ALA XXX ALA'

        with self.assertRaises(RuntimeError):
            parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_parse.py Proyecto: frank-stonybrook/meld

    def test_can_handle_alternate_protonation_states(self):
        content = 'ALA ASH GLH LYN HIE HIP HID ALA'

        result = parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

        self.assertEqual(result, 'NALA ASH GLH LYN HIE HIP HID CALA')

Ejemplo n.º 5

Archivo: test_parse.py Proyecto: frank-stonybrook/meld

    def test_can_handle_comment(self):
        content = 'ALA ALA\n#comment\nALA ALA\n'

        result = parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

        self.assertEqual(result, 'NALA ALA ALA CALA')

Ejemplo n.º 6

Archivo: test_parse.py Proyecto: frank-stonybrook/meld

    def test_can_parse_simple_sequence(self):
        content = 'ALA ALA ALA ALA'

        result = parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

        self.assertEqual(result, 'NALA ALA ALA CALA')

Ejemplo n.º 7

Archivo: test_parse.py Proyecto: he-leon/meld

    def test_raises_error_on_bad_residue(self):
        content = 'ALA XXX ALA'

        with self.assertRaises(RuntimeError):
            parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

Ejemplo n.º 8

Archivo: test_parse.py Proyecto: he-leon/meld

    def test_can_handle_alternate_protonation_states(self):
        content = 'ALA ASH GLH LYN HIE HIP HID ALA'

        result = parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

        self.assertEqual(result, 'NALA ASH GLH LYN HIE HIP HID CALA')

Ejemplo n.º 9

Archivo: test_parse.py Proyecto: he-leon/meld

    def test_can_handle_comment(self):
        content = 'ALA ALA\n#comment\nALA ALA\n'

        result = parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

        self.assertEqual(result, 'NALA ALA ALA CALA')

Ejemplo n.º 10

Archivo: test_parse.py Proyecto: he-leon/meld

    def test_can_parse_simple_sequence(self):
        content = 'ALA ALA ALA ALA'

        result = parse.get_sequence_from_AA3(contents=content)

        self.assertEqual(result, 'NALA ALA ALA CALA')