def read_vtk(self, file_name):
"""
Import a graph from a vtk file
"""
import numpy as np
try:
from mesh import Mesh
except ImportError:
raise ImportError("read_vtk requires pymesh")
# initialize the vtk reader
reader = Mesh()
# read the vtk
reader.ReadFromFileVtk(file_name)
# add nodes to the graph
for index, node in enumerate(reader.node_coord):
self.graph.add_node(index, pos=reader.node_coord[index])
'''
chuncker
Principe basé sur le stockage CSR ou CRS (Compressed Row Storage)
dont voici une illustration :
Soient six nœuds numérotes de 0 à 5 et quatre ́el ́ements form ́es par
les nœuds (0, 2, 3) pour l' el ement 0, (1, 2, 4) pour l'element,
(0, 1, 3, 4) pour l’ ́el ́e- ment 2 et (1, 5) pour l’ ́el ́ement 3.
Deux tableaux sont utilis ́es, l’un pour stocker de fa ̧con contigu ̈e
les listes de nœuds qui composent les ́el ́ements (table 1), l’autre
pour indiquer la position, dans ce tableau, ou` commence chacune de
ces listes (table 2).
Ainsi, le chiffre 6 en position 2 dans le tableau p elem2node indique
que le premier nœud de l’ ́el ́ement 2 se trouve en position 6 du
tableau elem2node. La derni`ere valeur dans p elem2node correspond au
nombre de cellules (la taille) du tableau elem2node.
elem2node
0 | 2 | 3 | 1 | 2 | 4 | 0 | 1 | 3 | 4 | 1 | 5
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
^ ^ ^ ^ ^
p_elem2node
0 | 3 | 6 | 10 | 12
1 2 3 4 4
'''
def chuncker(array, p_array):
return [
array[p_array[i]:p_array[i + 1]]
for i in range(len(p_array) - 1)
]
# given a cell returns the edges implicitely defined in it
def pairwise(seq):
return [seq[i:i + 2] for i in range(len(seq) - 2)] + \
[[seq[0], seq[len(seq) - 1]]]
datas = np.asarray(
[data['pos'] for _, data in self.graph.nodes(data=True)])
def distance3D(u, v, datas):
xi = datas[u][0]
yi = datas[u][1]
zi = datas[u][2]
xj = datas[v][0]
yj = datas[v][1]
zj = datas[v][2]
return math.sqrt((xi - xj) * (xi - xj) + (yi - yj) * (yi - yj) +
(zi - zj) * (zi - zj))
# add edges to the graph
for cell in chuncker(reader.elem2node, reader.p_elem2node):
for u, v in pairwise(cell):
if u not in self.graph[v]:
self.graph.add_edge(u, v, weight=distance3D(u, v, datas))
