Ejemplos de translate_gi_to_tax_id en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_metagenomics.py Proyecto: tianyabeef/viral-ngs

def test_translate_gi_to_tax_id(taxa_db_simple):
    tup = ['query', 'gi|4|else', 90., 80, 60, 2, 30, 80,
           1100, 1150, 1e-7, 64.5]
    blast1 = metagenomics.BlastRecord(*tup)

    tup[1] = 5
    expected = metagenomics.BlastRecord(*tup)
    assert metagenomics.translate_gi_to_tax_id(taxa_db_simple, blast1) == expected

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_metagenomics.py Proyecto: sudarshangc/viral-ngs

def test_translate_gi_to_tax_id(taxa_db_simple):
    tup = ['query', 'gi|4|else', 90., 80, 60, 2, 30, 80,
           1100, 1150, 1e-7, 64.5, []]
    blast1 = metagenomics.BlastRecord(*tup)

    tup[1] = 5
    expected = metagenomics.BlastRecord(*tup)
    assert metagenomics.translate_gi_to_tax_id(taxa_db_simple, blast1) == expected