Ejemplo n.º 1
0
 def worker(motif):
   return sum([
     1.0,
     -1 * binom_cdf(
       self.seed.target_seq.count(motif),
       self.seed.len_target_seq - len(motif) + 1,
       prob.prob_motif(
         motif, self.alphabet, self.markov_order, self.transitions
       )
     )
   ])
Ejemplo n.º 2
0
 def test_prob_motif(self):
   seq = "AUGC"
   alp = ["A", "U", "G", "C"]
   t = prob.get_transitions(seq, alp, 1)
   self.assertEqual(prob.prob_motif("AU", alp, 2, t), 1.0)