Ejemplos de write_random_fasta_records en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_tasks_scatter_gather.py Proyecto: mdsmith/pbcoretools

 def _generate_chunk_output_file(self, i=None):
     fn = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".fasta").name
     write_random_fasta_records(fn,
         prefix="contig{n}".format(n=random.randint(1,10000)))
     return fn

Ejemplo n.º 2

 def _generate_chunk_output_file(self, i=None):
     fn = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".fasta").name
     write_random_fasta_records(
         fn, prefix="contig{n}".format(n=random.randint(1, 10000)))
     return fn

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_tasks_scatter_gather.py Proyecto: mdsmith/pbcoretools

 def _generate_chunk_output_file(self, i=None):
     fn = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".fasta").name
     write_random_fasta_records(fn)
     pysam.samtools.faidx(fn, catch_stdout=False)
     return self._make_dataset_file(fn)

Ejemplo n.º 4

 def _generate_chunk_output_file(self, i=None):
     fn = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".fasta").name
     write_random_fasta_records(fn)
     pysam.samtools.faidx(fn, catch_stdout=False)
     return self._make_dataset_file(fn)