Ejemplos de Image en Python

Ejemplo n.º 1

def test_dicom():
    i = ndar.Image('test_data/NDAR_INVXT425UFT_image03_1357865972017.zip')
    dicom_file = i.path(i.files['DICOM'][0])
    assert os.path.exists(dicom_file)
    i.clean()
    assert not os.path.exists(dicom_file)
    assert os.path.exists(i.path(i.files['DICOM'][0]))

Ejemplo n.º 2

def test_clean():
    i = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    tempdir = i._tempdir
    assert os.path.exists(tempdir)
    i.clean()
    assert not os.path.exists(tempdir)
    assert os.path.exists(i._tempdir)

Ejemplo n.º 3

def test_dicom_2():
    i = ndar.Image('test_data/s1615890.zip')
    assert len(i.files['DICOM']) == 166
    for (k, v) in i.files.iteritems():
        if k != 'DICOM':
            assert not v
    assert os.path.exists(i.path('i1616037.MRDC.160'))

Ejemplo n.º 4

def test_dicom():
    i = ndar.Image('test_data/NDAR_INVXT425UFT_image03_1357865972017.zip')
    assert i.files['DICOM'] == ['0001.dcm']
    for (k, v) in i.files.iteritems():
        if k != 'DICOM':
            assert not v
    assert os.path.exists(i.path('0001.dcm'))

Ejemplo n.º 5

def test_nifti_1():
    i = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    assert i.files['NIfTI-1'] == ['06025B_mprage.nii.gz']
    for (k, v) in i.files.iteritems():
        if k != 'NIfTI-1':
            assert not v
    assert os.path.exists(i.path('06025B_mprage.nii.gz'))

Ejemplo n.º 6

def test_tempdir_noremove():
    i = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    tempdir = i._tempdir
    i._clean_on_del = False
    del i
    assert os.path.exists(tempdir)
    shutil.rmtree(tempdir)

Ejemplo n.º 7

def test_nifti_1():
    i = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    nifti_1_file = i.path(i.files['NIfTI-1'][0])
    assert os.path.exists(nifti_1_file)
    i.clean()
    assert not os.path.exists(nifti_1_file)
    assert os.path.exists(i.path(i.files['NIfTI-1'][0]))

Ejemplo n.º 8

def test_thumbnail():
    i = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    thumbnail = i.thumbnail
    assert os.path.exists(thumbnail)
    i.clean()
    assert not os.path.exists(thumbnail)
    assert os.path.exists(i.thumbnail)

Ejemplo n.º 9

def test_nifti_nonnifti():
    """image is not a NIfTI-1 file"""
    i = ndar.Image('test_data/NDAR_INVZU049GXV_image03_1326225820791.zip')
    nifti_1_file = i.nifti_1
    assert os.path.exists(nifti_1_file)
    i.clean()
    assert not os.path.exists(nifti_1_file)
    assert os.path.exists(i.nifti_1)

Ejemplo n.º 10

def test_nifti_nifti():
    """image is already a NIfTI-1 file"""
    i = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    nifti_1_file = i.nifti_1
    assert os.path.exists(nifti_1_file)
    i.clean()
    assert not os.path.exists(nifti_1_file)
    assert os.path.exists(i.nifti_1)

Ejemplo n.º 11

def test_brik():
    i = ndar.Image('test_data/NDAR_INVZU049GXV_image03_1326225820791.zip')
    assert i.files['AFNI'] == ['20783.spgr_at+tlrc']
    for (k, v) in i.files.iteritems():
        if k != 'AFNI':
            assert not v
    assert os.path.exists(i.path(i.files['AFNI'][0] + '.HEAD'))
    assert os.path.exists(i.path(i.files['AFNI'][0] + '.BRIK'))
    assert not os.path.exists(i.path(i.files['AFNI'][0]))

Ejemplo n.º 12

Archivo: test_nifti.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nifti_mcfail():
    """mri_convert failure (by way of a bad image)"""
    im = ndar.Image('test_data/bogus.mnc')
    nose.tools.assert_raises(AttributeError, lambda: im.nifti_1)

Ejemplo n.º 13

Archivo: test_nifti.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nifti_nonnifti():
    """image is not a NIfTI-1 file"""
    im = ndar.Image('test_data/NDAR_INVZU049GXV_image03_1326225820791.zip')
    assert os.path.exists(im.nifti_1)

Ejemplo n.º 14

Archivo: test_nifti.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nifti_unzipped_nifti():
    """image is already an uncompressed NIfTI-1 file"""
    im = ndar.Image('test_data/a.nii')
    assert im.nifti_1 == im.path(im.files['NIfTI-1'][0])

Ejemplo n.º 15

def test_afni_dicom():
    """image is DICOM"""
    im = ndar.Image('test_data/s1615890.zip')
    assert os.path.exists('%s.BRIK' % im.afni)
    assert os.path.exists('%s.HEAD' % im.afni)

Ejemplo n.º 16

def test_afni_minc():
    """image is a MINC file"""
    im = ndar.Image('test_data/a.mnc')
    assert os.path.exists('%s.BRIK' % im.afni)
    assert os.path.exists('%s.HEAD' % im.afni)

Ejemplo n.º 17

Archivo: test_thumbnails.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_thumbnail_slicerfail():
    """slicer failure (by way of a bad image)"""
    im = ndar.Image('test_data/bogus.nii.gz')
    nose.tools.assert_raises(AttributeError, lambda: im.thumbnail)

Ejemplo n.º 18

Archivo: test_nifti.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nifti_nifti():
    """image is already a NIfTI-1 file"""
    im = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    assert im.nifti_1 == im.path(im.files['NIfTI-1'][0])

Ejemplo n.º 19

def test_afni_fail():
    """conversion failure (by way of a bad image)"""
    im = ndar.Image('test_data/bogus.mnc')
    nose.tools.assert_raises(AttributeError, lambda: im.afni)

Ejemplo n.º 20

def test_tempdir_remove():
    i = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    tempdir = i._tempdir
    del i
    assert not os.path.exists(tempdir)

Ejemplo n.º 21

Archivo: test_nrrd.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nrrd_dicom():
    """image is DICOM"""
    im = ndar.Image('test_data/s1615890.zip')
    assert os.path.exists(im.nrrd)

Ejemplo n.º 22

def test_bad_file():
    nose.tools.assert_raises(
        Exception, lambda: ndar.Image('test_data/bogus', check_existence=True))
    i = ndar.Image('test_data/bogus')
    assert not i.exists()
    nose.tools.assert_raises(Exception, lambda: i.files)

Ejemplo n.º 23

Archivo: test_nifti.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nifti_nifti_gz():
    """image is a gzipped NIfTI-1 file"""
    im = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    assert im.nifti_1_gz == im.path(im.files['NIfTI-1'][0])

Ejemplo n.º 24

def test_afni_afni():
    """image is already an AFNI file"""
    im = ndar.Image('test_data/NDAR_INVZU049GXV_image03_1326225820791.zip')
    assert im.afni == im.path(im.files['AFNI'][0])

Ejemplo n.º 25

Archivo: test_nifti.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nifti_unzipped_nifti_gz():
    """image is an unzipped NIfTI-1 file"""
    im = ndar.Image('test_data/a.nii')
    assert im.nifti_1_gz != im.path(im.files['NIfTI-1'][0])
    assert im.nifti_1_gz.endswith('.nii.gz')
    assert os.path.exists(im.nifti_1_gz)

Ejemplo n.º 26

def test_afni_nifti():
    """image is a NIfTI-1 file"""
    im = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    assert os.path.exists('%s.BRIK' % im.afni)
    assert os.path.exists('%s.HEAD' % im.afni)

Ejemplo n.º 27

Archivo: test_nrrd.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nrrd_nrrd():
    """image is already a NRRD file"""
    im = ndar.Image('test_data/002-12AU_t1w.nrrd')
    assert im.nrrd == im.path(im.files['NRRD'][0])

Ejemplo n.º 28

Archivo: test_thumbnails.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_thumbnail():
    im = ndar.Image('test_data/06025B_mprage.nii.gz')
    assert os.path.exists(im.thumbnail)

Ejemplo n.º 29

Archivo: test_nrrd.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_nrrd_nonvolume():
    """image is not a volume"""
    im = ndar.Image('test_data/10_425-02_li1_146.png')
    nose.tools.assert_raises(AttributeError, lambda: im.nrrd)

Ejemplo n.º 30

Archivo: test_attributes.py Proyecto: hodgem/NITRC-Pipeline-for-NDAR

def test_no_attributes():
    im = ndar.Image('test_data/s1615890.zip')
    nose.tools.assert_raises(AttributeError, lambda: im.acquisition_matrix)