Ejemplos de show_biopython en Python

Ejemplo n.º 1

def test_show_biopython():
    from Bio.PDB import PDBParser
    parser = PDBParser()
    structure = parser.get_structure('protein', nv.datafiles.PDB)
    nv.show_biopython(structure)

Ejemplo n.º 2

from Bio.PDB import *
import nglview as nv

parse = PDBParser()
pdb = PDBList()
archivo = pdb.retrieve_pdb_file('1FAT')
structure = parser.get_structure('PHA-L', '1FAT.cif')
view = nv.show_biopython(structure)
view

Ejemplo n.º 3

Archivo: protein_mixin.py Proyecto: fny/proteinsolver-fny

 def render(self):
     return nv.show_biopython(self.structure())

Ejemplo n.º 4

Archivo: pdb_tools.py Proyecto: fny/proteinsolver-fny

def pdb_view(file):
    parser = PDBParser()
    structure = parser.get_structure('', file)
    view = nv.show_biopython(structure)
    return view

Ejemplo n.º 5

Archivo: script.py Proyecto: TailsWarrah/tcc_puc_minas

print(f"\
Sequence ID:{seqid.id}\n\
description:{seqid.description}\n\
E value:    {details.evalue} \n\
Bit Score:  {details.bitscore}\n\
")
print(f"alignment:\n{details.aln}")

#LENDO ARQUIVO PDB

seqid.id
seqid.id.split('|')[1]
urllib.request.urlretrieve('https://files.rcsb.org/download/6YYT.pdb',
                           '6YYT.pdb')
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("6YYT","6YYT.pdb")
structure
for chain in structure[0]:
    print(f"chainid: {chain.id}")

#VISUALIZANDO ESTRUTURA DA PROTEINA
nv.demo()
view = nv.show_biopython(structure)
view
view.render_image()
view = nv.show_biopython(structure, gui=True)
view
view.render_image()