def test_MRISPreproc_inputs():
input_map = dict(surf_dir=dict(argstr='--surfdir %s',
),
vol_measure_file=dict(argstr='--iv %s %s...',
),
fsgd_file=dict(xor=('subjects', 'fsgd_file', 'subject_file'),
argstr='--fsgd %s',
),
fwhm=dict(xor=['num_iters'],
argstr='--fwhm %f',
),
fwhm_source=dict(xor=['num_iters_source'],
argstr='--fwhm-src %f',
),
surf_measure=dict(xor=('surf_measure', 'surf_measure_file', 'surf_area'),
argstr='--meas %s',
),
subject_file=dict(xor=('subjects', 'fsgd_file', 'subject_file'),
argstr='--f %s',
),
surf_measure_file=dict(xor=('surf_measure', 'surf_measure_file', 'surf_area'),
argstr='--is %s...',
),
source_format=dict(argstr='--srcfmt %s',
),
subjects=dict(xor=('subjects', 'fsgd_file', 'subject_file'),
argstr='--s %s...',
),
ignore_exception=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
hemi=dict(mandatory=True,
argstr='--hemi %s',
),
surf_area=dict(xor=('surf_measure', 'surf_measure_file', 'surf_area'),
argstr='--area %s',
),
args=dict(argstr='%s',
),
terminal_output=dict(mandatory=True,
nohash=True,
),
num_iters_source=dict(xor=['fwhm_source'],
argstr='--niterssrc %d',
),
smooth_cortex_only=dict(argstr='--smooth-cortex-only',
),
subjects_dir=dict(),
num_iters=dict(xor=['fwhm'],
argstr='--niters %d',
),
proj_frac=dict(argstr='--projfrac %s',
),
target=dict(mandatory=True,
argstr='--target %s',
),
out_file=dict(argstr='--out %s',
genfile=True,
),
environ=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
)
inputs = MRISPreproc.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
def test_MRISPreproc_inputs():
input_map = dict(args=dict(argstr='%s',
),
environ=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
fsgd_file=dict(argstr='--fsgd %s',
xor=('subjects', 'fsgd_file', 'subject_file'),
),
fwhm=dict(argstr='--fwhm %f',
xor=['num_iters'],
),
fwhm_source=dict(argstr='--fwhm-src %f',
xor=['num_iters_source'],
),
hemi=dict(argstr='--hemi %s',
mandatory=True,
),
ignore_exception=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
num_iters=dict(argstr='--niters %d',
xor=['fwhm'],
),
num_iters_source=dict(argstr='--niterssrc %d',
xor=['fwhm_source'],
),
out_file=dict(argstr='--out %s',
genfile=True,
),
proj_frac=dict(argstr='--projfrac %s',
),
smooth_cortex_only=dict(argstr='--smooth-cortex-only',
),
source_format=dict(argstr='--srcfmt %s',
),
subject_file=dict(argstr='--f %s',
xor=('subjects', 'fsgd_file', 'subject_file'),
),
subjects=dict(argstr='--s %s...',
xor=('subjects', 'fsgd_file', 'subject_file'),
),
subjects_dir=dict(),
surf_area=dict(argstr='--area %s',
xor=('surf_measure', 'surf_measure_file', 'surf_area'),
),
surf_dir=dict(argstr='--surfdir %s',
),
surf_measure=dict(argstr='--meas %s',
xor=('surf_measure', 'surf_measure_file', 'surf_area'),
),
surf_measure_file=dict(argstr='--is %s...',
xor=('surf_measure', 'surf_measure_file', 'surf_area'),
),
target=dict(argstr='--target %s',
mandatory=True,
),
terminal_output=dict(mandatory=True,
nohash=True,
),
vol_measure_file=dict(argstr='--iv %s %s...',
),
)
inputs = MRISPreproc.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value