Ejemplos de fasta_from_alignment en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_fasta.py Proyecto: pombredanne/old-cogent

 def test_fasta_from_alignment(self):
     """should return correct fasta string."""
     self.assertEqual(fasta_from_alignment({}),'')
     self.assertEqual(fasta_from_alignment(self.alignment_dict),\
         self.fasta_with_label)
     self.assertEqual(fasta_from_alignment(self.alignment_object),\
         self.fasta_with_label)

Ejemplo n.º 2

Archivo: meme.py Proyecto: pombredanne/old-cogent

def findMotifsFromAlignment(aln,WorkingDir=None):
    """Runs MEME using an Alignment object.
    
        - Returns MotifResults object
        - seqs can be an Alignment object or dict
    """
    #Make Fasta Alignment
    fasta_aln = fasta_from_alignment(aln)
    #Make sure aln is Alignment object
    aln = Alignment(aln)
    app = MEME(InputHandler='_input_as_lines')
    output = app(fasta_aln)
    meme_results = MemeParser(output['StdOut'])
    meme_results.Alignment = aln
    return add_p_values(meme_results)