Ejemplos de MSA.select en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: msa_test.py Proyecto: MikkelSchubert/paleomix

def test_msa_select__remove_one():
    fa_1 = FASTA("A", None, "ACGT")
    fa_2 = FASTA("B", None, "GCTA")
    initial = MSA([fa_1, fa_2])
    expected = MSA([fa_1])
    result  = initial.select(["A"])
    assert_equal(result, expected)

Ejemplo n.º 2

Archivo: msa_test.py Proyecto: jelber2/paleomix

def test_msa_select__remove_one():
    fa_1 = FASTA("A", None, "ACGT")
    fa_2 = FASTA("B", None, "GCTA")
    initial = MSA([fa_1, fa_2])
    expected = MSA([fa_1])
    result = initial.select(["A"])
    assert_equal(result, expected)

Ejemplo n.º 3

def test_msa_select__no_keys():
    msa = MSA([FASTA("Foo", None, "ACGT")])
    with pytest.raises(ValueError):
        msa.select([])

Ejemplo n.º 4

def test_msa_select__missing_keys():
    msa = MSA([FASTA("Foo", None, "ACGT")])
    with pytest.raises(KeyError):
        msa.select(["Bar"])