Ejemplos de canonical_improper_order en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: psf.py Proyecto: rmcgibbo/ParmEd

 def improp_gen(struct):
     for imp in struct.impropers:
         yield (imp.atom1, imp.atom2, imp.atom3, imp.atom4)
     for dih in struct.dihedrals:
         if dih.improper:
             # Central atom first
             yield canonical_improper_order(dih.atom3, dih.atom1, dih.atom2, dih.atom4, center=1)

Ejemplo n.º 2

 def improp_gen(struct):
     for imp in struct.impropers:
         yield (imp.atom1, imp.atom2, imp.atom3, imp.atom4)
     for dih in struct.dihedrals:
         if dih.improper:
             # Central atom first
             yield canonical_improper_order(
                 dih.atom3,
                 dih.atom1,
                 dih.atom2,
                 dih.atom4,
                 center=1,
             )

Ejemplo n.º 3

Archivo: parameters.py Proyecto: TengyuMaVandy/ParmEd

 def _periodic_improper_key(atom1, atom2, atom3, atom4):
     a1, a2, a3, a4 = canonical_improper_order(atom1, atom2, atom3, atom4)
     return (a1.type, a2.type, a3.type, a4.type)

Ejemplo n.º 4

 def _periodic_improper_key(atom1, atom2, atom3, atom4):
     a1, a2, a3, a4 = canonical_improper_order(atom1, atom2, atom3, atom4)
     return (a1.type, a2.type, a3.type, a4.type)