Ejemplos de pacbio_args_runner en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: service_multirunner.py Proyecto: knyquist/pbsmrtpipe

def main(argv=sys.argv):
    return pacbio_args_runner(
        argv=argv[1:],
        parser=get_parser(),
        args_runner_func=args_runner,
        alog=log,
        setup_log_func=setup_log)

Ejemplo n.º 2

Archivo: ipdSummary.py Proyecto: smoe/kineticsTools

def main(argv=sys.argv, out=sys.stdout):
    setup_log_ = functools.partial(
        setup_log, str_formatter='%(asctime)s [%(levelname)s] %(message)s')
    try:
        return pacbio_args_runner(argv=argv[1:],
                                  parser=get_parser(),
                                  args_runner_func=args_runner,
                                  alog=logging.getLogger(__name__),
                                  setup_log_func=setup_log)
    # FIXME is there a more central place to deal with this?
    except Exception as e:
        type, value, tb = sys.exc_info()
        traceback.print_exc(file=sys.stderr)
        # Note: if kt.args.usePdb
        # This won't work. If an exception is raised in parseArgs,
        # then kt.args is not defined yet.
        if '--pdb' in argv:
            try:
                # this has better integration with ipython and is nicer
                # pip install ipdb
                import ipdb
                ipdb.post_mortem(tb)
            except ImportError:
                import pdb
                pdb.post_mortem(tb)
        else:
            # exit non-zero
            raise

Ejemplo n.º 3

def main(argv=sys.argv[1:]):
    """Main point of Entry"""
    return pacbio_args_runner(argv=argv,
                              parser=get_parser(),
                              args_runner_func=args_runner,
                              alog=log,
                              setup_log_func=setup_log)

Ejemplo n.º 4

Archivo: runner.py Proyecto: knyquist/pbsmrtpipe

def main(argv=sys.argv):
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv[1:],
                              parser,
                              _args_run_butler,
                              log,
                              setup_log_func=None)

Ejemplo n.º 5

Archivo: filter_subread.py Proyecto: mdsmith/pbreports

def main(argv=sys.argv[1:]):
    """Main point of Entry"""
    return pacbio_args_runner(
        argv=argv,
        parser=get_parser(),
        args_runner_func=args_runner,
        alog=log,
        setup_log_func=setup_log)

Ejemplo n.º 6

def main(argv=sys.argv):
    parser = get_parser()
    # note, this logger will overwritten after the output dir is created
    return pacbio_args_runner(argv[1:],
                              parser,
                              _args_run_butler,
                              log,
                              setup_log_func=setup_log)

Ejemplo n.º 7

Archivo: summarizeModifications.py Proyecto: smoe/kineticsTools

def main(argv=sys.argv):
    setup_log_ = functools.partial(
        setup_log, str_formatter='%(asctime)s [%(levelname)s] %(message)s')
    return pacbio_args_runner(argv=argv[1:],
                              parser=get_parser(),
                              args_runner_func=args_runner,
                              alog=logging.getLogger(__name__),
                              setup_log_func=setup_log_)

Ejemplo n.º 8

Archivo: runner.py Proyecto: yqin22/pbsmrtpipe

def main(argv=sys.argv):
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv[1:], parser, _args_run_butler, log, setup_minimal_log)

Ejemplo n.º 9

Archivo: runner.py Proyecto: knyquist/pbsmrtpipe

def main(argv=sys.argv):
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv[1:], parser, _args_run_butler, log, setup_log_func=None)

Ejemplo n.º 10

Archivo: cli_custom_pipeline.py Proyecto: lpp1985/lpp_Script

 def _main(argv=sys.argv):
     return pacbio_args_runner(argv[1:], _get_parser(),
                               _registry_runner(registry), log, setup_log)

Ejemplo n.º 11

Archivo: runner.py Proyecto: lpp1985/lpp_Script

def main(argv=sys.argv):
    parser = get_parser()
    # note, this logger will overwritten after the output dir is created
    return pacbio_args_runner(argv[1:], parser, _args_run_butler, log, setup_log_func=setup_log)

Ejemplo n.º 12

Archivo: cli_custom_pipeline.py Proyecto: lpp1985/lpp_Script

 def _main(argv=sys.argv):
     return pacbio_args_runner(argv[1:], _get_parser(), _registry_runner(registry), log, setup_log)

Ejemplo n.º 13

Archivo: multirunner.py Proyecto: yqin22/pbsmrtpipe

def main(argv=None):

    argv_ = sys.argv if argv is None else argv
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv_[1:], parser, _args_run_multi_testkit_cfg,
                              log, setup_log)

Ejemplo n.º 14

Archivo: resources_to_rst.py Proyecto: PacificBiosciences/pbsmrtpipe

def main(argv=sys.argv):
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv[1:], parser, convert_pipeline_json_files_args, log, setup_log)

Ejemplo n.º 15

def main(argv):
    return pacbio_args_runner(argv[1:],
                              _get_parser(),
                              run_args,
                              log,
                              setup_log_func=setup_log)

Ejemplo n.º 16

Archivo: bam2fastq_archive.py Proyecto: MShaffar19/pbcoretools

def main(argv=sys.argv):
    return pacbio_args_runner(
        argv[1:], get_parser_impl(Constants),
        functools.partial(run_args_impl, run_bam_to_fastq), log, setup_log)

Ejemplo n.º 17

def main(argv=sys.argv):
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv[1:], parser, _args_run_butler, log, setup_minimal_log)

Ejemplo n.º 18

def main(argv=sys.argv):
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv[1:], parser,
                              convert_pipeline_json_files_args, log, setup_log)

Ejemplo n.º 19

def main(argv=sys.argv):
    return pacbio_args_runner(argv[1:], get_parser(), args_runner, log,
                              setup_log)

Ejemplo n.º 20

Archivo: main.py Proyecto: MShaffar19/pbcoretools

def main(argv=sys.argv):
    return pacbio_args_runner(argv=argv[1:],
                              parser=get_parser(),
                              args_runner_func=run_args,
                              alog=logging.getLogger(),
                              setup_log_func=setup_log)

Ejemplo n.º 21

Archivo: multirunner.py Proyecto: nlhepler/pbsmrtpipe

def main(argv=None):

    argv_ = sys.argv if argv is None else argv
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv_[1:], parser, _args_run_multi_testkit_cfg, log, setup_log)

Ejemplo n.º 22

Archivo: hello-world.py Proyecto: mpkocher/pbpipeline-helloworld-resources

def main(argv):
    return pacbio_args_runner(argv[1:],
                              get_parser(),
                              args_runner,
                              log,
                              setup_log_func=setup_log)

Ejemplo n.º 23

Archivo: report_to_html.py Proyecto: lpp1985/lpp_Script

def main(argv=None):

    argv_ = sys.argv if argv is None else argv
    parser = get_parser()
    return pacbio_args_runner(argv_[1:], parser, _args_to_render_report, log, setup_log)

Ejemplo n.º 24

Archivo: consolidate_transcripts.py Proyecto: MShaffar19/pbcoretools

def main(argv=sys.argv):
    logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
    log = logging.getLogger()
    return pacbio_args_runner(argv[1:], get_parser(), args_runner, log,
                              setup_log)