Ejemplos de write_subreadset_chunks_to_file en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: chunker.py Proyecto: yqin22/pbsmrtpipe

def _args_run_chunk_subreadset(args):
    return CU.write_subreadset_chunks_to_file(args.chunk_report_json,
                                              args.subreadset,
                                              args.fasta,
                                              args.max_total_chunks,
                                              args.output_dir,
                                              "chunk_subreadset", 'xml')

Ejemplo n.º 2

Archivo: scatter_subread_reference.py Proyecto: yqin22/pbsmrtpipe

def run_main(chunk_output_json, subread_xml, reference_set_xml, max_nchunks, output_dir):
    return CU.write_subreadset_chunks_to_file(chunk_output_json,
                                              subread_xml,
                                              reference_set_xml,
                                              max_nchunks,
                                              output_dir,
                                              "chunk_subreadset", 'xml')

Ejemplo n.º 3

def _args_run_chunk_subreadset(args):
    return CU.write_subreadset_chunks_to_file(args.chunk_report_json,
                                              args.subreadset, args.fasta,
                                              args.max_total_chunks,
                                              args.output_dir,
                                              "chunk_subreadset",
                                              FileTypes.DS_SUBREADS.ext)

Ejemplo n.º 4

Archivo: scatter_subread_reference.py Proyecto: skinner/pbsmrtpipe

def run_main(chunk_output_json, subread_xml, reference_set_xml, max_nchunks, output_dir):
    return CU.write_subreadset_chunks_to_file(chunk_output_json,
                                              subread_xml,
                                              reference_set_xml,
                                              max_nchunks,
                                              output_dir,
                                              "chunk_subreadset",
                                              FileTypes.DS_SUBREADS.ext)

Ejemplo n.º 5

Archivo: chunker.py Proyecto: pombredanne/pbsmrtpipe

def _args_run_chunk_subreadset(args):
    return CU.write_subreadset_chunks_to_file(args.chunk_report_json,
                                              args.subreadset,
                                              args.fasta,
                                              args.max_total_chunks,
                                              args.output_dir,
                                              "chunk_subreadset",
                                              FileTypes.DS_SUBREADS.ext)

Ejemplo n.º 6

def _args_run_chunk_subreadset(args):
    return CU.write_subreadset_chunks_to_file(args.chunk_report_json,
                                              args.subreadset, args.fasta,
                                              args.max_total_chunks,
                                              args.output_dir,
                                              "chunk_subreadset", 'xml')