Ejemplo n.º 1
0
 def test_valid_input(self):
     self.assertEqual(needleman_wunsch('dva', 'deeva'), 1.0)
     self.assertEqual(needleman_wunsch('dva', 'deeve', 0.0), 2.0)
     self.assertEqual(needleman_wunsch('dva', 'deeve', 1.0, sim_score=lambda s1, s2: (2 if s1 == s2 else -1)), 1.0)
     self.assertEqual(
         needleman_wunsch('GCATGCUA', 'GATTACA', gap_cost=0.5,
                          sim_score=lambda s1, s2: (1 if s1 == s2 else -1)),
         2.5)
Ejemplo n.º 2
0
 def test_valid_input(self):
     self.assertEqual(needleman_wunsch('dva', 'deeva'), 1.0)
     self.assertEqual(needleman_wunsch('dva', 'deeve', 0.0), 2.0)
     self.assertEqual(
         needleman_wunsch('dva',
                          'deeve',
                          1.0,
                          sim_score=lambda s1, s2: (2 if s1 == s2 else -1)),
         1.0)
     self.assertEqual(
         needleman_wunsch('GCATGCUA',
                          'GATTACA',
                          gap_cost=0.5,
                          sim_score=lambda s1, s2: (1 if s1 == s2 else -1)),
         2.5)
Ejemplo n.º 3
0
 def test_invalid_input3(self):
     needleman_wunsch(None, None)
Ejemplo n.º 4
0
 def test_invalid_input2(self):
     needleman_wunsch(None, 'b')
Ejemplo n.º 5
0
 def test_invalid_input1(self):
     needleman_wunsch('a', None)
Ejemplo n.º 6
0
 def test_invalid_input3(self):
     needleman_wunsch(None, None)
Ejemplo n.º 7
0
 def test_invalid_input2(self):
     needleman_wunsch(None, 'b')
Ejemplo n.º 8
0
 def test_invalid_input1(self):
     needleman_wunsch('a', None)
Ejemplo n.º 9
0
 def test_invalid_input5(self):
     needleman_wunsch('a', ['b'])
Ejemplo n.º 10
0
 def time_medium_long(self):
     simfunctions.needleman_wunsch(_medium_string_1, _long_string_1)
Ejemplo n.º 11
0
 def test_invalid_input4(self):
     needleman_wunsch(['a'], 'b')
Ejemplo n.º 12
0
 def time_short_long(self):
     simfunctions.needleman_wunsch(_short_string_1, _long_string_1)
Ejemplo n.º 13
0
 def time_short_medium(self):
     simfunctions.needleman_wunsch(_short_string_1, _medium_string_1)
Ejemplo n.º 14
0
 def time_long_long(self):
     simfunctions.needleman_wunsch(_long_string_1, _long_string_2)
Ejemplo n.º 15
0
 def test_invalid_input5(self):
     needleman_wunsch('a', ['b'])
Ejemplo n.º 16
0
 def test_invalid_input4(self):
     needleman_wunsch(['a'], 'b')