Ejemplos de MoleculeMatcher.get_rmsd en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_molecule_matcher.py Proyecto: bkappes/pymatgen

 def test_get_rmsd(self):
     mm = MoleculeMatcher()
     mol1 = BabelMolAdaptor.from_file(os.path.join(test_dir,
                                                   "t3.xyz")).pymatgen_mol
     mol2 = BabelMolAdaptor.from_file(os.path.join(test_dir,
                                                   "t4.xyz")).pymatgen_mol
     self.assertEqual('{0:7.3}'.format(mm.get_rmsd(mol1, mol2)), "0.00488")

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_molecule_matcher.py Proyecto: AtlasL/pymatgen

 def test_get_rmsd(self):
     mm = MoleculeMatcher()
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz"))
     self.assertEqual('{0:7.3}'.format(mm.get_rmsd(mol1, mol2)), "0.00488")

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_molecule_matcher.py Proyecto: flash-jaehyun/pymatgen

 def test_get_rmsd(self):
     mm = MoleculeMatcher()
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz"))
     self.assertEqual('{0:7.3}'.format(mm.get_rmsd(mol1, mol2)), "0.00488")

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_molecule_matcher.py Proyecto: isayev/pymatgen

 def test_get_rmsd(self):
     mm = MoleculeMatcher()
     mol1 = BabelMolAdaptor.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz")).pymatgen_mol
     mol2 = BabelMolAdaptor.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz")).pymatgen_mol
     self.assertEqual('{0:7.3}'.format(mm.get_rmsd(mol1, mol2)), "0.00488")