Ejemplos de truncate_fasta_qual en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_truncate_fasta_qual_files.py Proyecto: Jorge-C/qiime

 def test_truncate_fasta_qual(self):
     """ Test for overall module functionality """
     
     base_pos = 80
     output_dir = '/tmp/truncate_fasta_qual_test/'
     
     create_dir(output_dir)
     
     truncate_fasta_qual(self.fasta_fp, self.qual_fp, output_dir, base_pos)
     
     actual_trunc_fasta_fp = output_dir +\
      basename(self.fasta_fp).replace(".fasta", "_filtered.fasta")
      
     actual_trunc_fasta_fp = open(actual_trunc_fasta_fp, "U")
     
     actual_trunc_fasta = [line.strip() for line in actual_trunc_fasta_fp]
     
     self.assertEqual(actual_trunc_fasta, expected_fasta_seqs)
     
     actual_trunc_qual_fp = output_dir +\
      basename(self.qual_fp).replace(".qual", "_filtered.qual")
      
     actual_trunc_qual_fp = open(actual_trunc_qual_fp, "U")
     
     actual_trunc_qual = [line.strip() for line in actual_trunc_qual_fp]
     
     self.assertEqual(actual_trunc_qual, expected_qual_scores)

Ejemplo n.º 2

    def test_truncate_fasta_qual(self):
        """ Test for overall module functionality """

        base_pos = 80
        output_dir = '/tmp/truncate_fasta_qual_test/'

        create_dir(output_dir)

        truncate_fasta_qual(self.fasta_fp, self.qual_fp, output_dir, base_pos)

        actual_trunc_fasta_fp = output_dir +\
         basename(self.fasta_fp).replace(".fasta", "_filtered.fasta")

        actual_trunc_fasta_fp = open(actual_trunc_fasta_fp, "U")

        actual_trunc_fasta = [line.strip() for line in actual_trunc_fasta_fp]

        self.assertEqual(actual_trunc_fasta, expected_fasta_seqs)

        actual_trunc_qual_fp = output_dir +\
         basename(self.qual_fp).replace(".qual", "_filtered.qual")

        actual_trunc_qual_fp = open(actual_trunc_qual_fp, "U")

        actual_trunc_qual = [line.strip() for line in actual_trunc_qual_fp]

        self.assertEqual(actual_trunc_qual, expected_qual_scores)

Ejemplo n.º 3

Archivo: truncate_fasta_qual_files.py Proyecto: Jorge-C/qiime

def main():
    option_parser, opts, args =\
     parse_command_line_parameters(**script_info)
      
    fasta_fp = opts.fasta_fp
    qual_fp = opts.qual_fp
    output_dir = opts.output_dir
    base_pos = int(opts.base_pos)
    
    create_dir(output_dir)
    
    truncate_fasta_qual(fasta_fp, qual_fp, output_dir, base_pos)

Ejemplo n.º 4

Archivo: truncate_fasta_qual_files.py Proyecto: Sandy4321/FizzyQIIME

def main():
    option_parser, opts, args =\
     parse_command_line_parameters(**script_info)

    fasta_fp = opts.fasta_fp
    qual_fp = opts.qual_fp
    output_dir = opts.output_dir
    base_pos = int(opts.base_pos)

    create_dir(output_dir)

    truncate_fasta_qual(fasta_fp, qual_fp, output_dir, base_pos)