Ejemplos de bwamem_idxstats en Python

Lenguaje de programación: Python

Namespace/Package Name: read_utils

Método / Función: bwamem_idxstats

Ejemplos en hotexamples.com: 2

Python bwamem_idxstats - 2 ejemplos encontrados. Estos son los ejemplos en Python del mundo real mejor valorados de read_utils.bwamem_idxstats extraídos de proyectos de código abierto. Puedes valorar ejemplos para ayudarnos a mejorar la calidad de los ejemplos.

Ejemplo n.º 1

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Archivo: test_read_utils.py Proyecto: notestaff/viral-ngs

 def test_bwamem_idxstats_no_bam_output(self):
     inBam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(), 'G5012.3.testreads.bam')
     outStats = util.file.mkstempfname('.stats.txt', directory=self.tempDir)
     read_utils.bwamem_idxstats(inBam, self.ebolaRef, None, outStats)
     with open(outStats, 'rt') as inf:
         actual_count = int(inf.readline().strip().split('\t')[2])
     self.assertGreater(actual_count, 18000)

Ejemplo n.º 2

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Archivo: test_read_utils.py Proyecto: broadinstitute/viral-ngs

 def test_bwamem_idxstats_no_bam_output(self):
     inBam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(), 'G5012.3.testreads.bam')
     outStats = util.file.mkstempfname('.stats.txt', directory=self.tempDir)
     read_utils.bwamem_idxstats(inBam, self.ebolaRef, None, outStats)
     with open(outStats, 'rt') as inf:
         actual_count = int(inf.readline().strip().split('\t')[2])
     self.assertGreater(actual_count, 18000)