crosser = stk.GeneticRecombination(
key=lambda mol: mol.func_groups[0].fg_type.name,
random_seed=random_seed,
use_cache=True,
)
# #####################################################################
# Mutator.
# #####################################################################
mutator = stk.Random(
stk.RandomBuildingBlock(
building_blocks=amines,
key=lambda mol: mol.func_groups[0].fg_type.name == 'amine',
duplicate_building_blocks=False,
random_seed=random_seed,
use_cache=True,
),
stk.SimilarBuildingBlock(
building_blocks=amines,
key=lambda mol: mol.func_groups[0].fg_type.name == 'amine',
duplicate_building_blocks=False,
random_seed=random_seed,
use_cache=True,
),
stk.RandomBuildingBlock(
building_blocks=aldehydes,
key=lambda mol: mol.func_groups[0].fg_type.name == 'aldehyde',
duplicate_building_blocks=False,
random_seed=random_seed,
# Crosser.
# #####################################################################
crosser = stk.GeneticRecombination(
key=lambda mol: mol.func_groups[0].fg_type.name,
random_seed=random_seed,
)
# #####################################################################
# Mutator.
# #####################################################################
mutator = stk.Random(
stk.RandomBuildingBlock(
amine_building_blocks,
key=lambda mol: mol.func_groups[0].fg_type.name == "primary_amine",
duplicate_building_blocks=False,
random_seed=random_seed,
),
stk.SimilarBuildingBlock(
amine_building_blocks,
key=lambda mol: mol.func_groups[0].fg_type.name == "primary_amine",
duplicate_building_blocks=False,
random_seed=random_seed,
),
stk.RandomBuildingBlock(
aldehyde_building_blocks,
key=lambda mol: mol.func_groups[0].fg_type.name == "aldehyde",
duplicate_building_blocks=False,
random_seed=random_seed,
),
stk.SimilarBuildingBlock(
stk.AboveAverage(num_batches=10, duplicates=False),
stk.Roulette(num_batches=5))
# #####################################################################
# Crosser.
# #####################################################################
crosser = stk.Jumble(num_offspring_building_blocks=3)
# #####################################################################
# Mutator.
# #####################################################################
mutator = stk.RandomMutation(
stk.RandomTopologyGraph(topology_graphs),
stk.RandomBuildingBlock(building_blocks, lambda mol: True),
stk.SimilarBuildingBlock(building_blocks, lambda mol: True, False))
# #####################################################################
# Optimizer.
# #####################################################################
optimizer = stk.NullOptimizer(use_cache=True)
# #####################################################################
# Fitness calculator.
# #####################################################################
def num_atoms(mol):
return len(mol.atoms)