Ejemplos de clean_for_illumina_flag en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: strip_primer_tails_test.py Proyecto: traeki/public-analyze-reads

 def testHappyCleaning(self):
   bad_tail = [2] * 5
   self.baseline.letter_annotations['phred_quality'][-5:] = bad_tail
   cleaned = strip.clean_for_illumina_flag(self.baseline)
   self.assertTrue(same_sequence(cleaned, self.baseline[:-5]),
       self.inequality_error.format(cleaned, self.baseline))

Ejemplo n.º 2

Archivo: strip_primer_tails_test.py Proyecto: traeki/public-analyze-reads

 def testInternalBadReadSkippedByCleaning(self):
   bad_tail = [2] * 5
   self.baseline.letter_annotations['phred_quality'][-5:] = bad_tail
   self.baseline.letter_annotations['phred_quality'][5:10] = bad_tail
   self.assertEqual(36, len(strip.clean_for_illumina_flag(self.baseline)))

Ejemplo n.º 3

Archivo: strip_primer_tails_test.py Proyecto: traeki/public-analyze-reads

 def testTrivialCleaning(self):
   cleaned = strip.clean_for_illumina_flag(self.baseline)
   self.assertTrue(same_sequence(cleaned, self.baseline),
       self.inequality_error.format(cleaned, self.baseline))