Ejemplo n.º 1
0
def test_distance():
    h1 = ss.header('smrt1', 1, ss.seq_range(0, 100))
Ejemplo n.º 2
0
def test_different_cells_undefined_distance():
    h1 = ss.header('smrt1', 1, ss.seq_range(0, 100))
    h2 = ss.header('smrt2', 1, ss.seq_range(50, 150))

    assert_false(h1.distance(h2))
Ejemplo n.º 3
0
def test_different_holes_undefined_distance():
    h1 = ss.header('smrt1', 1, ss.seq_range(0, 100))
    h2 = ss.header('smrt1', 2, ss.seq_range(50, 150))

    h1.distance(h2)
Ejemplo n.º 4
0
def test_different_cells_not_overlapping():
    h1 = ss.header('smrt1', 1, ss.seq_range(0, 100))
    h2 = ss.header('smrt2', 1, ss.seq_range(50, 150))

    assert_false(h1.overlaps(h2))
Ejemplo n.º 5
0
def test_nearly_overlapping():
    h1 = ss.header('smrt1', 1, ss.seq_range(0, 100))
    h2 = ss.header('smrt1', 1, ss.seq_range(101, 150))

    assert_equal(h1.distance(h2), 1)
    assert_false(h1.overlaps(h2))
Ejemplo n.º 6
0
def test_overlapping():
    h1 = ss.header('smrt1', 1, ss.seq_range(0, 100))
    h2 = ss.header('smrt1', 1, ss.seq_range(50, 150))

    assert_equal(h1.distance(h2), 0)
    assert_true(h1.overlaps(h2))