Ejemplo n.º 1
0
 def add_gdo(self, set_vid, probs, confidence, op_vid):
   pstr = probs.tostring()
   cstr = confidence.tostring()
   assert len(pstr) == 2*len(cstr)
   table_name = self.snp_markers_set_table_name(GDO_TABLE, set_vid)
   row = {'op_vid': op_vid, 'probs':  pstr, 'confidence': cstr}
   assign_vid(row)
   row_indices = self.kb.add_table_row(table_name, row)
   assert len(row_indices) == 1
   return row['vid'], row_indices[0]
Ejemplo n.º 2
0
 def add_gdo(self, set_vid, probs, confidence, op_vid):
     pstr = probs.tostring()
     cstr = confidence.tostring()
     assert len(pstr) == 2 * len(cstr)
     table_name = self.snp_markers_set_table_name(GDO_TABLE, set_vid)
     row = {'op_vid': op_vid, 'probs': pstr, 'confidence': cstr}
     assign_vid(row)
     row_indices = self.kb.add_table_row(table_name, row)
     assert len(row_indices) == 1
     return row['vid'], row_indices[0]
Ejemplo n.º 3
0
 def __preprocess_conf__(self, conf):
   if not 'laneSlotUK' in conf:
     if 'tag' in conf:
       conf['laneSlotUK'] = make_unique_key(conf['tag'], conf['lane'].label)
     else:
       conf['laneSlotUK'] = make_unique_key(conf['lane'].label)
   return assign_vid(conf)
Ejemplo n.º 4
0
 def __preprocess_conf__(self, conf):
     conf = assign_vid(conf)
     if not "demogUK" in conf:
         conf["demogUK"] = make_unique_key(
             conf["name"], conf["surname"], conf["birthdate"], conf["gender"].omero_id, conf["birthPlace"].id
         )
     return conf
Ejemplo n.º 5
0
 def __preprocess_conf__(self, conf):
   conf = assign_vid(conf)
   if not 'demogUK' in conf:
     conf['demogUK'] = make_unique_key(conf['name'], conf['surname'],
                                       conf['birthdate'],
                                       conf['gender'].omero_id,
                                       conf['birthPlace'].id)
   return conf
Ejemplo n.º 6
0
 def __preprocess_conf__(self, conf):
     return assign_vid(conf)
Ejemplo n.º 7
0
 def add_vid_filter_and_op_vid(stream, op_vid):
   for x in stream:
     assign_vid(x)
     x['op_vid'] = op_vid
     vid_correspondence.append((x['label'], x['vid']))
     yield x
Ejemplo n.º 8
0
 def add_vid_filter_and_op_vid(stream, op_vid):
     for x in stream:
         assign_vid(x)
         x['op_vid'] = op_vid
         vid_correspondence.append((x['label'], x['vid']))
         yield x
Ejemplo n.º 9
0
 def __preprocess_conf__(self, conf):
   return assign_vid(conf)
Ejemplo n.º 10
0
 def __preprocess_conf__(self, conf):
   if not 'vesselsCollectionItemUK' in conf:
     v_vid = conf['vessel'].id
     vc_vid = conf['vesselsCollection'].id
     conf['vesselsCollectionItemUK'] = make_unique_key(vc_vid, v_vid)
   return assign_vid(conf)
Ejemplo n.º 11
0
 def __preprocess_conf__(self, conf):
   if not 'activationDate'  in conf:
     return assign_vid_and_timestamp(conf, time_stamp_field='activationDate')
   else:
     return assign_vid(conf)
Ejemplo n.º 12
0
 def __preprocess_conf__(self, conf):
     if not 'dataCollectionItemUK' in conf:
         dc_vid = conf['dataCollection'].id
         ds_vid = conf['dataSample'].id
         conf['dataCollectionItemUK'] = make_unique_key(dc_vid, ds_vid)
     return assign_vid(conf)
 def __preprocess_conf__(self, conf):
   if not 'dataCollectionItemUK' in conf:
     dc_vid = conf['dataCollection'].id
     ds_vid = conf['dataSample'].id
     conf['dataCollectionItemUK'] = make_unique_key(dc_vid, ds_vid)
   return assign_vid(conf)