Ejemplos de loadDb en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_findmutations.py Proyecto: zsc319/literature-search

    def setUp(self):
        varFinder.loadDb(logLevel=100)  # disable logging
        self.genes = [672, 675]  # BRCA1 and BRCA2 entrez ids

        self.c_variant_del_text = "The variant c.3616delG is pathogenic."
        self.c_variant_del_found = varFinder.findVariantDescriptions(
            self.c_variant_del_text, [])

        self.c_variant_sub_text = "We found that the variant c.135C>T may do some stuff."
        self.c_variant_sub_found = varFinder.findVariantDescriptions(
            self.c_variant_sub_text, [])

        self.c_variant_sub_offset_text = "We found that the variant c.135-563C>T may do some stuff."
        self.c_variant_sub_offset_found = varFinder.findVariantDescriptions(
            c_variant_sub_offset_text, [])

Ejemplo n.º 2

Archivo: varSearch.py Proyecto: Moxikai/pubMunch

def startup(paramDict):
    varFinder.loadDb()
    geneFinder.initData(exclMarkerTypes=["dnaSeq"])

Ejemplo n.º 3

Archivo: disGeneVariant.py Proyecto: Moxikai/pubMunch

def startup(paramDict):
    geneFinder.initData(exclMarkerTypes=["dnaSeq", "band"])
    #varFinder.loadDb(loadSequences=False)
    varFinder.loadDb()

Ejemplo n.º 4

def startup(paramDict):
    varFinder.loadDb()
    geneFinder.initData(exclMarkerTypes=["dnaSeq"])

Ejemplo n.º 5

def startup(paramDict):
    geneFinder.initData(exclMarkerTypes=["dnaSeq", "band"])
    #varFinder.loadDb(loadSequences=False)
    varFinder.loadDb()