Ejemplos de main en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_calc.py Proyecto: quanrd/VCF-kit

def test_spectrum_alleles_count():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "spectrum", "test_data/test.vcf.gz"])
    assert round(float(out[-2].split("\t")[1]), 5) == 0.03571

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_calc.py Proyecto: quanrd/VCF-kit

def test_sample_hom_gt():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "sample_hom_gt", "test_data/test.vcf.gz"])
    assert out[0] == 'sample\tfreq_of_gt\tn_gt_at_freq'
    assert out[10] == 'AB1\t10\t8'

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_calc.py Proyecto: quanrd/VCF-kit

def test_spectrum_genotypes_count():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "genotypes", "test_data/test.vcf.gz"])
    assert out[0] == 'n\tref\thet\talt\tmis'
    assert out[-1] == '1\t0\t0\t12\t2'

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_calc.py Proyecto: quanrd/VCF-kit

def test_spectrum_genotypes_frequency():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "genotypes", "test_data/test.vcf.gz"])
    assert out[-1] == '1\t0\t0\t12\t2'

Ejemplo n.º 5

Archivo: test_calc.py Proyecto: AndersenLab/vcf-kit

def test_sample_hom_gt():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "sample_hom_gt", "test_data/test.vcf.gz"])
    assert out[0] == 'sample\tfreq_of_gt\tn_gt_at_freq'
    assert out[10] == 'QG536\t10\t11'

Ejemplo n.º 6

Archivo: test_calc.py Proyecto: AndersenLab/vcf-kit

def test_spectrum_alleles_count():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "spectrum", "test_data/test.vcf.gz"])
    assert out[-2] == '23\t0.0357142857143'

Ejemplo n.º 7

Archivo: test_calc.py Proyecto: AndersenLab/vcf-kit

def test_spectrum_genotypes_frequency():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "genotypes", "test_data/test.vcf.gz"])
    assert out[-1] == '1\t9\t2\t1\t2'

Ejemplo n.º 8

Archivo: test_calc.py Proyecto: AndersenLab/vcf-kit

def test_spectrum_genotypes_count():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "genotypes", "test_data/test.vcf.gz"])
    assert out[0] == 'n\tref\thet\talt\tmis'
    assert out[-1] == '1\t9\t2\t1\t2'

Ejemplo n.º 9

Archivo: test_calc.py Proyecto: snashraf/VCF-kit

def test_spectrum_alleles_count():
    with Capturing() as out:
        calc.main(["calc", "spectrum", "data/test.vcf.gz"])
    assert out[-2] == '23\t0.0357142857143'