Ejemplo n.º 1
0
Archivo: xit.py Proyecto: zyxue/xit 
def init(cmd_args):
    A = xU.get_cmd_args(cmd_args)

    logging.basicConfig(
        format='%(levelname)s|%(asctime)s|%(name)s:%(message)s',
        level=getattr(logging, A.loglevel.upper()))
    logger.info('Obtained loglevel: {0}'.format(A.loglevel.upper()))

    config_file = A.config
    if not os.path.exists(config_file):
        raise IOError("{0} cannot found".format(config_file))

    logger.info('Parsing configuration file: {0}'.format(config_file))
    C = yaml.load(open(config_file))

    vars_ = get_vars(A.vars, C['systems'])
    logger.info('Extracted variables: {0}'.format(format_dict(vars_)))

    dir_templates = get_dir_templates(C['systems'])
    logger.info('Extracted dir templates: {0}'.format(
        format_dict(dir_templates)))

    id_template = C['systems']['id']
    logger.info('Extracted id template: {0}'.format(id_template))

    core_vars = gen_core_vars_r(vars_, dir_templates, id_template)
    logger.debug(pprint.pformat((core_vars)))
    return A, C, core_vars
Ejemplo n.º 2
0
Archivo: xit.py Proyecto: zyxue/xit 
def init(cmd_args):
    A = xU.get_cmd_args(cmd_args)

    logging.basicConfig(
        format='%(levelname)s|%(asctime)s|%(name)s:%(message)s',
        level=getattr(logging, A.loglevel.upper()))
    logger.info('Obtained loglevel: {0}'.format(A.loglevel.upper()))

    config_file = A.config
    if not os.path.exists(config_file):
        raise IOError("{0} cannot found".format(config_file))

    logger.info('Parsing configuration file: {0}'.format(config_file))
    C = yaml.load(open(config_file))


    vars_ = get_vars(A.vars, C['systems'])
    logger.info('Extracted variables: {0}'.format(format_dict(vars_)))
    

    dir_templates = get_dir_templates(C['systems'])
    logger.info('Extracted dir templates: {0}'.format(format_dict(dir_templates)))


    id_template = C['systems']['id']
    logger.info('Extracted id template: {0}'.format(id_template))

    core_vars = gen_core_vars_r(vars_, dir_templates, id_template)
    logger.debug(pprint.pformat((core_vars)))
    return A, C, core_vars
Ejemplo n.º 3
0
 def testPrepQsub(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--qsub', 'mdrun'])
     self.assertEqual(args.qsub_files_key, 'mdrun')
Ejemplo n.º 4
0
 def testPrepSedPreMdrun(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--sed', 'pre_mdrun'])
     self.assertEqual(args.sed_files_key, 'pre_mdrun')
Ejemplo n.º 5
0
 def testPrepExec(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--exec', 'pre_mdrun'])
     self.assertEqual(args.exec_files_key, 'pre_mdrun')
Ejemplo n.º 6
0
 def testPrepMkdir(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--mkdir'])
     self.assertTrue(args.mkdir)
Ejemplo n.º 7
0
 def testPrepSedDefault(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--sed'])
     self.assertIsNone(args.sed_files_key)
Ejemplo n.º 8
0
 def testPrepMkdir(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--mkdir'])
     self.assertTrue(args.mkdir)
Ejemplo n.º 9
0
 def testPrepQsub(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--qsub', 'mdrun'])
     self.assertEqual(args.qsub_files_key, 'mdrun')
Ejemplo n.º 10
0
 def testPrepExec(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--exec', 'pre_mdrun'])
     self.assertEqual(args.exec_files_key, 'pre_mdrun')
Ejemplo n.º 11
0
 def testPrepSedPreMdrun(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--sed', 'pre_mdrun'])
     self.assertEqual(args.sed_files_key, 'pre_mdrun')
Ejemplo n.º 12
0
 def testPrepSedDefault(self):
     args = xutils.get_cmd_args(['prep', '--sed'])
     self.assertIsNone(args.sed_files_key)