print ""
parser.print_help()
sysexit()
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# read input sequence files
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input = readsequences(input)
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# proces getorf data, input gff and confirm gene & unigene structure on Orfs
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input = rungetorf(input)
input = parseinputgff(input)
input,gene_confirmation,unigene_confirmation = geneandunigeneconfirmation(input)
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# do several sequence / annotation property checks
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IS_REPETITIVE = annotatedproteinsequencerepetitivenesscheck(input)
HAS_SMALL_OR_TINY_EXONS = annotatedgeneexonsizeevaluation(input)
HAS_N_SYMBOLS = ntracksindnasequencecheck(input)
for org in input.keys():
status,warnings = confirmcanonicalsplicesites(input[org]['genomeseq'],
input[org]['gff-gene'],exon_fmethod=GFF_CDS_FMETHOD,verbose=False)
input[org]['warnings'].extend(warnings)
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sysExit()
# change directory to the one specified by optparse option
os.chdir(OPTIONS.DIRECTORY)
try:
locus = AbgpGeneLocusDirectory(OPTIONS.DIRECTORY)
input = locus.toinputdict()
except:
print explain()
sysExit()
## TEMPORARILY backwards-compatibility with old input_data_struct.txt file
#input = eval(open('input_data_struct.txt').read().strip())
# do geneandunigeneconfirmation
input,gene_status,unigene_status = geneandunigeneconfirmation(input,verbose=False)
if not OPTIONS.sequenceonly:
# proces tcode data; no needed in `sequenceonly` output modus
input = obtaintcodedata(input)
for org in input.keys():
if OPTIONS.verbose and not input[org]['gff-gene']:
print "# No gene GFF data present in GeneLocusDirectory"
if OPTIONS.verbose and not input[org]['gff-unigene']:
print "# No unigene GFF data present in GeneLocusDirectory"
# translate gene's exons to introns
exons = []
for gfftrack in input[org]['gff-gene']:
