def simulate(env, t=None, r=None):
r = r if r is not None else (round(t[0]), round(t[1]))
t = t if t is not None else (T(r[0]), T(r[1]))
msg = 'Simulation for {}, from {}s ({}) to {}s ({})'.format(
env, t[0], r[0], t[1], r[1])
print(msg)
with timer() as elapsed_sim:
for r in range(r[0], r[1]):
if r % 2 == 0:
enable_print()
else:
block_print()
t = T(r)
print('{}'.format(r))
with timer() as elapsed_loop:
for x in env:
with timer() as elapsed_calc:
x.calculate(r=r)
with numpy.printoptions(precision=4, suppress=True):
print(' {:180}'.format(x.snapshot(r=r)), end='')
print('{:.7f}ms'.format(elapsed_calc() / 1000))
print('{:184}'.format('{} ({}s)'.format(r, t)), end='')
print('total: {:.7f}ms'.format(elapsed_loop() / 1000))
enable_print()
print('\n', end='')
print('ENDED {:178}'.format(msg), end='')
print('sim: {:.7f}ms'.format(elapsed_sim() / 1000))
def influence(self, influence, source, t=None, r=None):
r = round(t) if t is not None else r
if influence not in INFLUENCES:
raise NotImplementedError(
'Not implemented for influence "{}"'.format(influence))
if self._d_externals[r] is None:
self._d_externals[r] = dict()
if self._d_externals[r][influence] is None:
self._d_externals[r][influence] = []
self._d_externals[r][influence].append(source)
def externals(self, t=None, r=None):
r = round(t) if t is not None else r
if r not in self._d_externals:
return []
return self._d_externals[r]
def get_variable(self, variable, t=None, r=None):
r = round(t) if t is not None else r
return getattr(self, '_d_{}'.format(variable))[r]
def snapshot(self, t=None, r=None):
r = round(t) if t is not None else r
return '{} (pos (Å)={}, vel (Å/fs)={}, acc (Å/fs²)={})'.format(
self.id, self.position(r=r, unit=ANGSTROM),
self.speed(r=r, unit=ANGSTROM_FEMTOSECOND),
self.acceleration(r=r, unit=ANGSTROM_FEMTOSECOND_2))
def calculate(self, t=None, r=None):
t = round(t) if t is not None else r
if t < 0:
raise NotImplementedError('< 0 HAHA')
externals = self.externals(r=t)
m = self._mass
if t == 0:
r = self._position
v = self._speed
a = self._acceleration
q = self._charge
fi = array(0)
else:
ti = t - 1
ri = self.position(r=t - 1)
vi = self.speed(r=t - 1)
ai = self.acceleration(r=t - 1)
qi = self.charge(r=t - 1)
'''
acho que é a ideia aqui é:
as forças intermoleculares - ??? - agem sobre a molecula
força é massa vezes aceleração, então a força implica uma aceleracao
a aceleracao implica uma velocidade
que vai mudar a posicao da molecula
'''
# para ligar com as forças intermoleculares eu preciso criar uma mesh
# com todos os campos em atuação no instante
# na verdade seria um loop por todas as moleculas vizinhas, juntando os vetores de potencial elétrico?
# isso ai
fi = [
potencial_lennard_jones(
self.distance(other, r=t - 1, norm=False))
for other in self.environment if other.id != self.id
]
fi = numpy.array(fi)
fi = numpy.sum(
fi, axis=0) if len(self.environment) > 0 else numpy.zeros(3)
f = fi.copy()
if 'force' in externals:
fe = externals['force']
f += numpy.sum(fe, axis=0)
# ok, mas e a carga???
# argonio é um gas inerte, entao ignora isso
a = f / m
v = vi + a * dt
r = ri + v * dt
q = qi
self._d_position[t] = r
self._d_speed[t] = v
self._d_acceleration[t] = a
self._d_charge[t] = q
self._d_intermolecular_interaction[t] = fi
def distance(self, other, t=None, r=None, norm=True):
r = round(t) if t is not None else r
return self.position(r=r) - other.position(
r=r) if not norm else distancia_euclidiana(self.position(
r=r), other.position(r=r))