def showSegmentation(segmentation,
voxelsize_mm=np.ones([3, 1]),
degrad=4,
label=1,
smoothing=True,
vtk_file=None,
qt_app=None,
show=True,
resize_mm=None):
"""
Funkce vrací trojrozměrné porobné jako data['segmentation']
v data['slab'] je popsáno, co která hodnota znamená
"""
if vtk_file is None:
vtk_file = "mesh_geom.vtk"
vtk_file = os.path.expanduser(vtk_file)
labels = []
segmentation = segmentation[::degrad, ::degrad, ::degrad]
voxelsize_mm = voxelsize_mm * degrad
_stats(segmentation)
if resize_mm is not None:
logger.debug("resize begin")
print("resize")
new_voxelsize_mm = np.asarray([resize_mm, resize_mm, resize_mm])
import imtools
segmentation = imtools.misc.resize_to_mm(
segmentation,
voxelsize_mm=voxelsize_mm,
new_voxelsize_mm=new_voxelsize_mm)
voxelsize_mm = new_voxelsize_mm
logger.debug("resize begin")
_stats(segmentation)
# import pdb; pdb.set_trace()
mesh_data = gen_mesh_from_voxels_mc(segmentation, voxelsize_mm)
if smoothing:
mesh_data.coors = smooth_mesh(mesh_data)
# mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
else:
mesh_data = gen_mesh_from_voxels_mc(segmentation,
voxelsize_mm * 1.0e-2)
# mesh_data.coors +=
mesh_data.write(vtk_file)
if qt_app is None:
qt_app = QApplication(sys.argv)
logger.debug("qapp constructed")
if show:
import viewer
view = viewer.QVTKViewer(vtk_file)
print('show viewer')
view.exec_()
return labels
def make_mesh_file(
self,
labels=None,
):
""" Make one mesh (vtk or stl) file
:param label: labels from prev use of set_labels are used if None
:return: filename of output file
Funkce vrací trojrozměrné porobné jako data['segmentation']
v data['slab'] je popsáno, co která hodnota znamená
"""
if labels is None:
labels=self.labels
strlabel = imma.get_nlabels(slab=self.slab, labels=labels, return_mode="str")
if strlabel is list:
# if one file with {} in pattern is created
strlabel = "-".join(strlabel)
logger.debug(strlabel)
mesh_filename = self.output_file_pattern.format(strlabel)
logger.debug(mesh_filename)
self.select_labels(labels)
# import sed3
# sed3.show_slices(self.binar_segmentation)
self._resize_if_required()
# sed3.show_slices(self.resized_segmentation)
# _stats(self.segmentation)
# _stats(self.binar_segmentation)
_stats(self.resized_segmentation)
# import pdb; pdb.set_trace()
logger.debug("gen_mesh_from_voxels_mc() started")
mesh_data = gen_mesh_from_voxels_mc(self.resized_segmentation, self.resized_voxelsize_mm)
if self.smoothing:
mesh_data.coors = smooth_mesh(mesh_data)
# mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
else:
pass
# mesh_data = gen_mesh_from_voxels_mc(segmentation, voxelsize_mm * 1.0e-2)
# mesh_data.coors +=
logger.debug("gen_mesh_from_voxels_mc() finished")
pth, ext = op.splitext(mesh_filename)
if ext == ".stl":
vtk_filename = mesh_filename + ".vtk"
else:
vtk_filename = mesh_filename
mesh_data.write(vtk_filename)
if ext == ".stl":
vtk2stl.vtk2stl(vtk_filename, mesh_filename)
return mesh_filename
def liver_cut(self):
'''
Pokud není zvolené kriterium pro provádění resekční linie, program zahlásí chybu
'''
if (self.planew == None) & (self.cut_point == None):
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Neexistuje rovina řezu"))
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8('Nejdříve vytvořte rovinu(Plane), nebo bod(Point)'))
'''
Pokud je zvoleno jako resekční kritérium rovina spustí se metoda Rez_podle_roviny ze skriptu virtual_resection
'''
if self.planew != None:
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Provádění řezu. Prosím čekejte"))
data_z_resekce,odstraneni_procenta = virtual_resection.Rez_podle_roviny(self.planew,self.segment,self.new_vox)
'''
Zde se provádí výpis velikosti (v procentech) odříznuté části jater do editoru pro uživatele
Pokud je z jater odříznuto příliš mnoho, algoritmus někdy přepočítá jejich hodnotu nad hranici sta procent, proto
je to zde ošetřeno podmínkou
'''
if (odstraneni_procenta > 100):
self.liver_text.appendPlainText(_fromUtf8("Odstraněno příliš mnoho. Nelze spočítat"))
else:
self.liver_text.appendPlainText(_fromUtf8("Bylo ostraněno cca "+str(odstraneni_procenta)+" % jater"))
'''
Zde je vypnuta vytvořená rovina, což je provedeno z toho důvodu, aby mohlo být prováděno více řezů za sebou
'''
self.planew.Off()
'''
Pokud je zvoleno jako resekční kritérium bod spustí metoda. Tato metoda nejdříve vytvoří metici nul o stejné velikosti jako je matice
původních dat. V této matici je na pozici bodu, který zvolí uživatel nula naahrazena jedničkou. Celá tato matice je společně s maticí
původních dat předána resekčnímu algoritmu podle bodu ze skriptu virtual_resection
'''
if self.cut_point != None:
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Provádění řezu. Prosím čekejte"))
pozice = self.cut_point.GetPosition()
self.data['data3d'] = self.data['data3d'][::self.degrad,::self.degrad,::self.degrad]
seeds = np.zeros((self.data['segmentation'].shape[0],(self.data['segmentation'].shape[1]),(self.data['segmentation'].shape[2])))
seeds[pozice[0]/self.new_vox[0]][pozice[1]/self.new_vox[1]][pozice[2]/self.new_vox[2]] = 1
self.data = virtual_resection.Resekce_podle_bodu(self.data,seeds)
data_z_resekce = self.data['segmentation'] == self.data['slab']['liver']
self.cut_point.Off()
'''
Následně je vytvořen soubor VTK obsahující část jater, bez uříznuté části.
'''
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(data_z_resekce, self.new_vox)
if True:
for x in xrange (15):
mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
print("Done")
self.planew = None
self.cut_point = None
vtk_file = "mesh_new.vtk"
mesh_data.write(vtk_file)
self.View(vtk_file)
def liver_cut(self):
'''
Pokud není zvolené kriterium pro provádění resekční linie, program zahlásí chybu
'''
if (self.planew == None) & (self.cut_point == None):
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Neexistuje rovina řezu"))
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8('Nejdříve vytvořte rovinu(Plane), nebo bod(Point)'))
'''
Pokud je zvoleno jako resekční kritérium rovina spustí se metoda Rez_podle_roviny ze skriptu virtual_resection
'''
if self.planew != None:
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Provádění řezu. Prosím čekejte"))
data_z_resekce,odstraneni_procenta = virtual_resection.Rez_podle_roviny(self.planew,self.segment,self.new_vox)
'''
Zde se provádí výpis velikosti (v procentech) odříznuté části jater do editoru pro uživatele
Pokud je z jater odříznuto příliš mnoho, algoritmus někdy přepočítá jejich hodnotu nad hranici sta procent, proto
je to zde ošetřeno podmínkou
'''
if (odstraneni_procenta > 100):
self.liver_text.appendPlainText(_fromUtf8("Odstraněno příliš mnoho. Nelze spočítat"))
else:
self.liver_text.appendPlainText(_fromUtf8("Bylo ostraněno cca "+str(odstraneni_procenta)+" % jater"))
'''
Zde je vypnuta vytvořená rovina, což je provedeno z toho důvodu, aby mohlo být prováděno více řezů za sebou
'''
self.planew.Off()
'''
Pokud je zvoleno jako resekční kritérium bod spustí metoda. Tato metoda nejdříve vytvoří metici nul o stejné velikosti jako je matice
původních dat. V této matici je na pozici bodu, který zvolí uživatel nula naahrazena jedničkou. Celá tato matice je společně s maticí
původních dat předána resekčnímu algoritmu podle bodu ze skriptu virtual_resection
'''
if self.cut_point != None:
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Provádění řezu. Prosím čekejte"))
pozice = self.cut_point.GetPosition()
self.data['data3d'] = self.data['data3d'][::self.degrad,::self.degrad,::self.degrad]
seeds = np.zeros((self.data['segmentation'].shape[0],(self.data['segmentation'].shape[1]),(self.data['segmentation'].shape[2])))
seeds[pozice[0]/self.new_vox[0]][pozice[1]/self.new_vox[1]][pozice[2]/self.new_vox[2]] = 1
self.data = virtual_resection.Resekce_podle_bodu(self.data,seeds)
data_z_resekce = self.data['segmentation'] == self.data['slab']['liver']
self.cut_point.Off()
'''
Následně je vytvořen soubor VTK obsahující část jater, bez uříznuté části.
'''
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(data_z_resekce, self.new_vox)
if True:
for x in xrange (15):
mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
print("Done")
self.planew = None
self.cut_point = None
vtk_file = "mesh_new.vtk"
mesh_data.write(vtk_file)
self.View(vtk_file)
def generate_mesh(self,segmentation,voxelsize_mm):
self.segment = segmentation
print("Generuji data...")
self.voxelsize_mm = voxelsize_mm
'''
Nahrazuje původní velikost voxelu, velikostí vexoelů zvětšenou o hodnotu degradace
'''
self.new_vox = voxelsize_mm * self.degrad
'''
Zde je použita metoda ze skriptu seg2fem, která ze zadaných dat a velikosti voxelu vytvoří vtk soubor
Data se před vytvořením vtk souboru ještě vyhlazují,aby měla hladší povrch
Výsledný soubor je uložen pod názvem mesh_new.vtk
'''
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(self.segment, self.new_vox)
if True:
for x in xrange (50):
mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
print("Done")
vtk_file = "mesh_new.vtk"
mesh_data.write(vtk_file)
return vtk_file
def generate_mesh(self, segmentation, voxelsize_mm):
self.segment = segmentation
print("Generuji data...")
self.voxelsize_mm = voxelsize_mm
'''
Nahrazuje původní velikost voxelu, velikostí vexoelů zvětšenou o hodnotu degradace
'''
self.new_vox = voxelsize_mm * self.degrad
'''
Zde je použita metoda ze skriptu seg2fem, která ze zadaných dat a velikosti voxelu vytvoří vtk soubor
Data se před vytvořením vtk souboru ještě vyhlazují,aby měla hladší povrch
Výsledný soubor je uložen pod názvem mesh_new.vtk
'''
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(self.segment, self.new_vox)
if True:
for x in xrange(50):
mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
print("Done")
vtk_file = "mesh_new.vtk"
mesh_data.write(vtk_file)
return vtk_file