Python reverse_complement Examples

Example #1

File: test_dxpy_utils.py Project: kedarmhaswade/dx-toolkit

 def test_reverse_complement(self):
     self.assertEqual(b"TTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement(b"CGGTTTAAAA"))
     self.assertEqual(b"TTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement("CGGTTTAAAA"))
     self.assertEqual(b"TTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement(b"cggtttaaaa"))
     self.assertEqual(b"TTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement("cggtttaaaa"))
     self.assertEqual(b"NNNNNTTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement(b"CGGTTTAAAANNNNN"))
     self.assertEqual(b"NNNNNTTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement("CGGTTTAAAANNNNN"))
     with self.assertRaises(ValueError):
         genomic_utils.reverse_complement("oops")

Example #2

File: test_dxpy_utils.py Project: yinxx/dx-toolkit

 def test_reverse_complement(self):
     self.assertEqual(b"TTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement(b"CGGTTTAAAA"))
     self.assertEqual(b"TTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement("CGGTTTAAAA"))
     self.assertEqual(b"TTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement(b"cggtttaaaa"))
     self.assertEqual(b"TTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement("cggtttaaaa"))
     self.assertEqual(b"NNNNNTTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement(b"CGGTTTAAAANNNNN"))
     self.assertEqual(b"NNNNNTTTTAAACCG", genomic_utils.reverse_complement("CGGTTTAAAANNNNN"))
     with self.assertRaises(ValueError):
         genomic_utils.reverse_complement("oops")