Python estimate_transition_matrix Examples

Example #1

File: test_estimation.py Project: rickwg/spmcmm

    def test_estimate_transition_matrix(self):
        """
        Test estimation of reversible transition matrix
        """
        check_mat = np.array([[0.25, 0.75], [0.75, 0.25]])
        count_mat = np.array([[1, 3], [3, 1]])
        trans_mat = est.estimate_transition_matrix(count_mat, i_max_iter=10000, i_tol=1e-6)

        self.assertTrue(np.allclose(trans_mat, check_mat, atol=1e-5))

Example #2

File: test_estimation.py Project: PaulPruliere/Markov-Chain-Models

    def test_estimate_transition_matrix(self):
        """
        Test estimation of reversible transition matrix
        """
        check_mat = np.array([[0.25, 0.75], [0.75, 0.25]])
        count_mat = np.array([[1, 3], [3, 1]])
        trans_mat = est.estimate_transition_matrix(count_mat,
                                                   i_max_iter=10000,
                                                   i_tol=1e-6)

        self.assertTrue(np.allclose(trans_mat, check_mat, atol=1e-5))

Example #3

File: pipeline_test.py Project: PaulPruliere/Markov-Chain-Models

if args.plot:
    try:
        import matplotlib.pyplot as plt
    except ImportError:
        print 'No matplotlib available, import failed.'

#####################################################################
# import data
#####################################################################
data_importer = dataImp.SimpleDataImporter(args.iFile, i_delimiter=' ')

#####################################################################
# k-means clustering
#####################################################################
cluster = cl.kMeans(data_importer.get_data(), args.numCluster)
cluster.discretize()

#####################################################################
# estimation of transition matrix
#####################################################################
chain = np.asarray(cluster.get_labels(), dtype=np.int64)
count_mat = est.compute_count_matrix(chain, i_tau=1)
trans_mat = est.estimate_transition_matrix(count_mat, 10000, 1e-3)

is_reversible, check_mat = est.check_reversibility(trans_mat)

#####################################################################
# Analysis of markov chain and transition matrix
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mcmm_ana = ana.MarkovModel(trans_mat)

Example #4

File: pipeline_test.py Project: shoucheng0/spmcmm

if args.plot:
    try:
        import matplotlib.pyplot as plt
    except ImportError:
        print "No matplotlib available, import failed."

#####################################################################
# import data
#####################################################################
data_importer = dataImp.SimpleDataImporter(args.iFile, i_delimiter=" ")

#####################################################################
# k-means clustering
#####################################################################
cluster = cl.kMeans(data_importer.get_data(), args.numCluster)
cluster.discretize()

#####################################################################
# estimation of transition matrix
#####################################################################
chain = np.asarray(cluster.get_labels(), dtype=np.int64)
count_mat = est.compute_count_matrix(chain, i_tau=1)
trans_mat = est.estimate_transition_matrix(count_mat, 10000, 1e-3)

is_reversible, check_mat = est.check_reversibility(trans_mat)

#####################################################################
# Analysis of markov chain and transition matrix
#####################################################################
mcmm_ana = ana.MarkovModel(trans_mat)