xyzPath="recurTraj.xyz",
restartPdb=None)
##########################################################################################
#################################### RUN SIMULATION ####################################
## remove all .xyz trajectory files
files = [f for f in os.listdir(".") if os.path.isfile(f) and ".xyz" in f]
[os.remove(fname) for fname in files]
## run atoms
run_atoms(ENGINE, rang=4, xyzFrequency=None)
#run_molecules(ENGINE, xyzFrequency=None)
run_recurring_atoms(ENGINE,
rang=50,
explore=True,
refine=False,
xyzFrequency=None)
run_recurring_atoms(ENGINE,
rang=4,
explore=False,
refine=True,
xyzFrequency=None)
run_atoms(ENGINE, rang=4, xyzFrequency=None)
##########################################################################################
################################## PLOT PDF CONSTRAINT #################################
IMD_CONSTRAINT.plot(show=False)
B_CONSTRAINT.plot(show=False)
BA_CONSTRAINT.plot(show=False)
PDF_CONSTRAINT.plot(show=True)
##########################################################################################
##################################### RUN SIMULATION ###################################
## run normal 10 times for 10000 step each time
for _ in range(10):
run_normal(nsteps=10000, saveFrequency=10000, engineFilePath=engineFilePath)
## start fitting scale factors each 10 accepted moves
PDF_CONSTRAINT.set_adjust_scale_factor((10, 0.8, 1.2))
RSF_CONSTRAINT.set_adjust_scale_factor((10, 0.8, 1.2))
## run normal 100 times for 9000 step each time
for _ in range(50):
run_normal(nsteps=10000, saveFrequency=10000, engineFilePath=engineFilePath)
## run swaping 100 times for 1000 step each time
#ACN_CONSTRAINT.set_used(False)
for _ in range(100):
run_swap(nsteps=1000, saveFrequency=1000, engineFilePath=engineFilePath)
## run normal 100 times for 9000 step each time
for _ in range(10):
run_normal(nsteps=10000, saveFrequency=10000, engineFilePath=engineFilePath)
##########################################################################################
################################## PLOT PDF CONSTRAINT #################################
PDF_CONSTRAINT.plot(intra=False,show=False)
RSF_CONSTRAINT.plot(intra=False,show=False)
ACN_CONSTRAINT.plot(show=False)
EMD_CONSTRAINT.plot(show=True)