def excluiArquivosRepetidos(listaExcluir):
dirKi = "./ki/"
dirPdb = "./pdbs/"
for i in listaExcluir:
apagaArquivo(dirKi + i.lower() + ".csv")
apagaArquivo(dirPdb + i.upper() + ".pdb")
def outliers(self):
percent = self.horizontalSlider_percent.value()/100 # corta o que esta acima de 70% do desvio/10
self.concatenaArquivos()
diret = "./outputFiles/"
arq = open(diret+"juntos.csv", 'r')
reader = csv.reader(arq)
allRows = [row for row in reader]
arrEstru = []
arrVal = []
for x in allRows:
if not x[0] == "PDB": # elimina linhas de cabecalho
arrVal.append(float(x[2])) # cria lista com valores experimentais
arrEstru.append(x[0]) # cria lista com estruturas
elements = np.array(arrVal)
mean = np.mean(elements, axis=0)
listaOutliers = []
ind = 0
for x in arrVal:
dif = np.abs(x-mean)
if abs(dif/mean)>percent: # verifica se nao esta na faixa
listaOutliers.append(arrEstru[ind].upper())
ind = ind+1
texto = str(listaOutliers)
texto = texto.replace("]", '')
texto = texto.replace("[", '')
grava(texto.split("'"), diret+"outliers.txt")
arq.close()
apagaArquivo(diret+"juntos.csv")
self.limpaArquivoProteinas()
def apagaArquivosOk(self):
reply = QtGui.QMessageBox.question(self, 'Message',"Do you really want to delete selected files?", QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No, QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
if self.radioButton_4.isChecked():
manip.apagaArquivos("./pdbs")
manip.apagaArquivos("./ki")
manip.apagaArquivos("./outputFiles")
manip.apagaArquivos("./models")
manip.apagaArquivos("./results")
if self.radioButton_3.isChecked():
manip.apagaArquivos("./outputFiles")
manip.apagaArquivos("./models")
manip.apagaArquivos("./results")
if self.radioButton_2.isChecked():
arqOutput = manip.arquivosNaPastaOutput()
dir = "./outputFiles/"
for i in arqOutput:
if "SF_saida" in i:
manip.apagaArquivo(dir+i)
manip.apagaArquivos("./models")
manip.apagaArquivos("./results")
if self.radioButton_1.isChecked():
manip.apagaArquivos("./models")
manip.apagaArquivos("./results")
QtGui.QMessageBox.information(self, "Message", "The selected files have been deleted!")
self.limpaRadioButtons()
else:
pass
def apagaFake(self, arq):
# verifica se o arquivo ki eh fake e apaga
lista = leCsv(arq)
if lista:
texto = ''.join(lista)
if "FAKE" in texto:
apagaArquivo(arq)
else:
pass
def limpaArquivosOutlier():
# remove parquivos nas pastas
arq = "./inputFiles/pdbsProteinaFinalTes.txt"
apagaArquivo(arq)
arq = "./inputFiles/pdbsProteinaFinalTre.txt"
apagaArquivo(arq)
arq = "./inputFiles/pdbsProteinaTeste.txt"
apagaArquivo(arq)
arq = "./inputFiles/pdbsProteinaTreino.txt"
apagaArquivo(arq)
def __init__(self):
self.versao = "Version 2.3.1.2" # seta a versao do taba na tela principal
# Explaining super is out of the scope of this article
# So please google it if you're not familar with it
# Simple reason why we use it here is that it allows us todi
# access variables, methods etc in the design.py file
super(self.__class__, self).__init__()
self.setupUi(self) # This is defined in design.py file automatically
# It sets up layout and widgets that are defined
#self.toolButton_regressao.clicked.connect(self.fazRegressao()) # When the button is pressed
# Execute browse_folder function
#QtGui.QMessageBox.information(self, "Attention", "Entrou novamente")
self.move(80, 50)
self.setFixedSize(822, 300)
self.window2 = None
self.window3 = None
self.window4 = None
self.window5 = None
self.window6 = None
self.window7 = None
self.window8 = None
self.window9 = None
diret = "./arquivosSaida/"
self.label_version.setText(self.versao)
limpa_arquivosSf(diret)
# as funcoes abaixo devem ficar nesta ordem
completaPastas() # cria pastas que nao existam
completaArquivoConfig() # novas versões podem conter novas tags
completaArquivoConfigTaba() # novas versões podem conter novas tags
self.limparExperimento()
self.verificaRodando()
apagaArquivo(
"logs.log"
) # limpa arquivo de log de erros que são necessarios somente em testes
criaArquivo("logs.log")
self.criaAtalho()
def deletaModelo(self):
diret = "./models/"
modeloMensagem = self.modeloEscolhido.replace(".txt", "")
reply = QtGui.QMessageBox.question(
self, 'Message',
"Do you really want to delete the " + modeloMensagem + "?",
QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No, QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
apagaArquivo(diret + self.modeloEscolhido)
self.carregaModelos()
else:
pass
# apaga arquivos com dados de afinidade do modelo
diretDestino = "./results/"
arqTesteDestino = diretDestino + "binding_affinity_test_set_" + modeloMensagem + ".csv"
arqTreinoDestino = diretDestino + "binding_affinity_training_set_" + modeloMensagem + ".csv"
apagaArquivo(arqTesteDestino)
apagaArquivo(arqTreinoDestino)
self.pushButton_deleta.setEnabled(False)
def baixaPdbOk(self, event):
############ baixa PDBs ##############
self.escondeBotoes()
# Set up PDB url
url_in = 'https://files.rcsb.org/download/'
# Set up PDB access code
nomePdbs = leCsv("./inputFiles/pdbsProteina.txt")
totalArquivos = nomePdbs.__len__()
varia = 100 / totalArquivos
progresso = 0
count = 0
contaPausa = 0
mensagem = "Starting download PDB protein files from the site " + url_in
self.label_cabecalho.setText(mensagem)
self.progressBar.setValue(0)
QtGui.QApplication.processEvents(
) # para não travar usar antes de loops
for linha in nomePdbs:
pdb_access = linha.strip()
mensagem = pdb_access
self.label_textoProgresso.setText(mensagem)
# Call download_PDB_file()
count = count + 1
my_dir_in = "./pdbs/"
flag_4_file_present = pre_download(
my_dir_in, pdb_access + ".pdb") #verifica se ja existe arquvio
if not flag_4_file_present:
download_PDB_file(url_in, pdb_access + ".pdb")
progresso = progresso + varia
self.progressBar.setValue(progresso)
contaPausa = contaPausa + 1
if contaPausa > 100:
contaPausa = 0
mensagem = "---> pausa tecnica. Aguarde que o programa continuara a rodar automaticamente..."
self.label_textoProgresso.setText(mensagem)
sleep(
30
) # pausa para por exigencia do site se nao nao baixa todos
mensagem = str(count) + ' files were correctly downloaded'
self.label_textoProgresso.setText(mensagem)
self.progressBar.setValue(100)
########## BAIXA ki ###################################
# limpar diretorio
self.progressBar.setValue(0)
progresso = 0
files = glob.glob('./ki/*')
QtGui.QApplication.processEvents() # para não travar
'''
for f in files:
os.remove(f)
'''
my_dir_in = "./ki/" # futuramente e melhor ajustar o nome do diretorio para abranger todos os inibidores
# define tipo inibidor
if self.radioButton_Kd.isChecked():
self.inibidor = "Kd"
elif self.radioButton_Ki.isChecked():
self.inibidor = "Ki"
elif self.radioButton_IC50.isChecked():
self.inibidor = "IC50"
elif self.radioButton_EC50.isChecked():
self.inibidor = "EC50"
elif self.radioButton_deltaG.isChecked():
self.inibidor = "deltaG"
binding_info = self.inibidor
# Set up PDB url
url_in = 'http://files.rcsb.org/download/'
# Set up PDB access code
nomePdbs = leCsv("./inputFiles/pdbsProteina.txt")
totalArquivos = nomePdbs.__len__()
count = 0
mensagem = "Starting download PDB " + binding_info + " files (constant interation):" + url_in
self.label_cabecalho.setText(mensagem)
QtGui.QApplication.processEvents(
) # para não travar usar antes de loops
for linha in nomePdbs:
pdb_access = linha.strip()
mensagem = "File: " + pdb_access
self.label_textoProgresso.setText(mensagem)
structureId = linha.strip()
# Call download_PDB_file()
get_Bind(my_dir_in, structureId, binding_info)
progresso = progresso + varia
self.progressBar.setValue(progresso)
## muda cor caixa texto
self.progressBar.setValue(100)
self.movie.stop()
self.label_relogio.hide()
self.movie.stop()
if self.checkBox_eliminateLigand.isChecked():
excluido, quantia = excluiLigantesRepetidos()
if excluido == True:
gravaConfig("excluiLigantes", "yes")
QtGui.QMessageBox.information(
self, "Message",
str(quantia) + " repeated ligands were eliminated")
self.carrega()
else:
QtGui.QMessageBox.information(
self, "Message",
"It is not possible to exclude repeated ligands because the amount of remaining structures is insufficient to obtain satisfactory results."
+ "\n" + "The download was successful.")
QtGui.QMessageBox.information(self, "Message", "Operation completed")
## exclui arquivos que retornaram vazios
arqKiVazio = kiVazio()
textoKi = ','.join(arqKiVazio)
textoKi = textoKi.replace(",", ", ")
arqPdbVazio = pdbVazio()
textoPdb = ','.join(arqPdbVazio)
textoPdb = textoPdb.replace(",", ", ")
mensagem = "The following files contain no information and have been discarded:" + "\n" + "Ki files:" + "\n" + textoKi
mensagem = mensagem + "\n" + "PDB file:" + "\n" + textoPdb
mensagem = mensagem + "\n" + "You must edit the PDB code boxes and delete them manually."
if arqKiVazio or arqPdbVazio:
QtGui.QMessageBox.information(self, "Message", mensagem)
diret = "./ki/"
for i in arqKiVazio:
apagaArquivo(diret + i) # apaga arquivos ki que nao tem informação
diret = "./pdbs/"
for i in arqPdbVazio:
apagaArquivo(diret +
i) # apaga arquivos pdb que nao tem informação
self.mostraBotoes()
self.toolButton_ClearText.setEnabled(False)
self.toolButton_saveText.setEnabled(False)
self.progressBar.setValue(0)
self.plainTextEdit_pdbs.setEnabled(False)